发酵床养殖不仅能降低圈舍的氨气味，也能增强动物的免疫力。发酵床控制疾病主要靠的是微生态平衡，或微生物之间的制约，利用占绝对优势的有益菌，特别是猪肠道原籍菌如双岐乳酸杆菌，乳酸粪肠球菌等来制约有害病原菌和病毒，不仅在体外的垫料中形成相互制约制衡的关系，在猪的体内也是如此，即使猪吃进了含病菌的垫料，但同时，也以10000倍以上的比例吃进去了有益的肠胃原籍菌，它们在一起就不会发病；
很多人很难理解这样一种制约原理，但其实很简单，大量的科学试验表明，在动物的肠黏膜微生物系统中，（要知道肠黏膜系统中存在1000克以上的微生物菌体重量），病原菌和病毒也是存在的，但并不引发疾病，如条件性致病性大肠杆菌，它往往能强烈地刺激动物黏膜免疫反应，促进黏膜的体液免疫和细胞免疫，产生大量的特异性和非特异性抗体，这种由有害病菌直接刺激产生抗体的作用，甚至远远大于肠胃原籍菌引发的抗体反应，肠道原籍菌甚至并不引起动物或引起极少量的抗体免疫反应； 所以，在体内适当地存在有害菌和病毒，对锻炼提高动物的抗病力是非常有益的，科学家试验表明，从一出生就完全生活在无菌环境中的白鼠（所有食物均高温消毒，环境无菌），其体内抗体水平极低，一放到粗放环境中存活率极低，相反，出生后生活在普通环境中的白鼠存活性生命力极强，抗体水平高。
然后是猪的身体机能的平衡，生活习性的平衡，并照顾到猪的生理福利等。
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