凌云
土壤有酸碱之分，有机菌肥也有pH值，菌又有真菌、细菌之分。中性和微酸性土壤宜施细菌性有机菌肥，碱性土壤宜施丝状微生物的藻类有机菌肥，施用后能固定空气中的氮，帮助作物利用以其他状态存在的氮素养分。酸性土壤施了碱性有机菌肥，酸碱中和降低了肥效，也使菌种受到伤害。有些菌是需氧性很强的菌种，如放线菌、霉菌类等，含有这类菌种的菌肥施在板结、透气性差的土壤中，别说发酵繁殖，菌种本身都难以成活，施肥效果可想而知。
土壤理化性状恶化
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菌肥中的菌种赖以生存的条件是有机质，但当前80%以上的果园、大田、菜地等都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等。更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件，不能繁衍生存，大部分死亡，这也是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。
