枯草芽孢杆菌在水产养殖中有两种使用方法，一种是净水用，另一种是内服。
1、净水用；这是绝大多数芽孢杆菌的使用情况，也是最常见的。枯草芽孢杆菌能大量消耗水体中的有机质，将其分解为小分子有机酸、氨基酸及氨，改善水质，为单胞藻提供营养，能够分解各种有机质，综合净化水环境，改善不良水质。
2. 内服使用；即添加到饲料中给水产动物食用，其实很多很多内服制剂以及饲料中也添加芽孢制剂。可以改善鱼虾蟹的肠胃功能，提高饲料的利润率，改善肉质，促进长生，防病效果很好。主要是靠芽孢杆菌的占位效应，还有就是能够产生有益代谢产物。
市面上有很多芽孢杆菌制剂产品，常见的均是粉剂的，不过也有水剂的芽孢杆菌。那么我们又该如何判断呢？对于水剂的芽孢杆菌制剂产品，在芽孢杆菌制剂灌装之后，因为是活菌，芽孢还在生长，所以罐装产品容器正常会有涨气现象，这也恰恰说明里面是活菌，如果产品容器中氧被耗尽，那么菌种会出现大量死亡，所以水剂芽孢杆菌制剂产品很不稳定，如果没有在有效的时间内使用，往往会导致效果不佳，在这里坦白讲不怎么水剂芽孢产品。
