1.软件企业税收筹划的成本比较高，尽管企业可以实现有效的税收筹划，但是企业在税收筹划中需要设置必要的部门或机构来进行此项工作，在这个程序中依旧会加大运营成本，尤其是依靠税务机构进行筹划，企业往往需要花费比较高的咨询费用，在这种程度上来讲，合理避税效率比较低，难以实现降低纳税负担的作用。
2.由于受制于部分软件企业自身管理水平，部分软件开发企业在投资时过于关注眼前利益，忽略了对企业长期发展利益的重视，在经营过程中，管理者不注重经营方式，不加筹划和研究，不重视对纳税的合理回避，这些都会在一定程度上导致软件企业纳税负担过重，影响企业的未来长期发展，约束盈利能力提升。
一、园区简介
全国性质的总部经济招商重点城市，税收奖励比例相比全国有很大的优势，且地方政府大力支持总部经济招商模式。园区内有全国大型的广告产业基地，针对大型科技公司、广告公司、服务行业、医疗行业、影视行业等都十分欢迎。
税收优惠政策:只要将企业注册在园区(注册式，不用实地办公)，两种方式.
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有限公司(一般纳税人)增值税根据地方财政所得部分的50%-70%予以财政扶持奖励;企业所得税按照地方财政所得部分的50%-70%予以财政扶持奖励。
个人独资企业这种方式是对于缺乏或无法取得进项的企业，可以注册成个人独资企业或合伙企业对所得税进行核定征收，所得税税率2个点，其增值税还有返还奖励，通过纳税筹划解决企业成本、个人所得税、分红等问题。
举例1:一家服装销售公司，原公司现有情况以年利润1亿元为例，增值税13%需缴纳1亿*13%=1300万，按照利润的25%，需交纳企业所得税2500万;总税负1300万+2500万=3800万，先通过园区注册一家新公司，增值税节税1300万*50%(地方留存)*70%(奖励区间)=455万，企业所得税节税2500万*40%(地方留存)*70%(奖励区间)=700万，总计节税455+700=1155万。总之，增值税纳税人在具体实务操作中可以单个使用也可以组合使用以上方法。但是这些选择方法仅从纳税的角度考虑，并没有考虑到其他的因素，如其他购货成本、合同条款、从小规模纳税人和一般纳税人处购入货物的质量差异等，企业应从企业的财务管理目标的角度来考虑税收筹划。
二、个人独资企业（小规模/一般纳税人）：
增值税：3个点
个税：2个点 或按照行业利润率进行五级累进制计算
附加税：增值税的12%，为0.36%
奖励后总税率：5.36%
三、有限公司（新公司或分公司）：
增值税：奖励地方留存（50%）的50%-70%
企业所得税：奖励地方留存（40%）的50%-70%
附加税：为增值税的12%
四、办理细则：
行业几乎无限制。提供一站式后期服务。 办理时间快，一周内出执照，税务报道三天后可领F票。提供代账服务（小规模300/月，一般纳税人500/月）。三类医疗器械可做，只需要法人质量管理员到场即可。
