PCR实验室并没有严峻的净化要求，但是爲避免各个实验区域间交叉污染的可能性，宜采用全送全排的气流组织方式。要严峻控制送、排风的比例以保证各实验区的压力要求。
试剂贮存和预备区:主要中止的操作爲贮存试剂的制备、试剂的分装和混合液的设备。
标本制备区:主要中止的操作爲样本的保管、核酸(RNA、DNA)提取、贮存及其参与至扩增反响管和测定DNA的分解,应避免在本区内不必要的走动。
扩增反响混合物配制和扩增区:主要中止的操作爲DNA扩增。此外，已制备的DNA模板 (来自样本制备区)的参与和主反响混合液(来自试剂贮存和制备区)制备成反响混合液等也可在本区内中止。
扩增产物分析区:主要中止的操作爲扩增片段的测定。 主要的扩增产物污染来源，因此对本区的压力梯度的要求爲：相对于临近区域爲负压，以避免扩增产物从本区分散至其它区域。
义务区域的严峻划分
(1)各个实验区域设置合理;
(2)各个实验区域要有清楚的标志(如醒目的门牌或不同的空中颜色等)，以避免各个不同实验区域设备物品、试剂等混合。
