《深圳市城市总体规划中提出，“调整公路口岸分工，形成深港跨界公路交通西进西出、东进东出的总体格局”，深圳针对口岸功能定位不明确、承担过境交通量与设计量不相符等现状问题，计划对现有陆路口岸功能定位进行调整。
目前计划的调整方案为：
在罗湖口岸和福田口岸纯旅检功能不变的情况下，保留深圳湾口岸货检功能，取消皇岗口岸、文锦渡口岸和沙头角口岸货检功能；
调整后，东部跨境货运车辆统一由莲塘口岸出入境，西部跨境货运车辆统一由深圳湾口岸出入境，即为跨境货运“东进东出、西进西出”。
口岸客运优化布局：
一是要优化口岸功能，在口岸功能分工上做到差异化。如福田口岸主要服务深圳市内客流，皇岗口岸主要服务城际客流，宝安机场口岸主打服务城际客流，深圳湾口岸侧重公路车辆的跨界运输；
二是要完善口岸布局，做好深圳西部地区新口岸的规划建设，此外要进一步提高深圳中部口岸的通关效率，主要是接入城际线，接入地铁，提高交通的纾解能力和服务水平；
三是要预留口岸发展弹性。
皇岗和沙头角两口岸计划重建
深圳市已计划对皇岗口岸进行重建，并由原深圳市规划国土委牵头开展了深港科技合作创新区空间规划和皇岗口岸重建专项规划研究。
沙头角口岸于1985年建成启用，目前《沙头角口岸重建项目可行性研究报告》已编制完成，正在会同盐田区政府进一步优化方案。
新口岸方面，莲塘口岸于2013年11月正式动工建设，目前总体工程基本完成，场地配套完成总工程量95％，已进入查验单位设备安装阶段，有望今年第三季度具备开通运行条件。
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