有机物及矿物油污染
由有机物造成的膜系统故障占全部系统故障的进水中的有机物吸附在膜元件表面,会造成通量的损失,尤其是在第一段,在很多情况下,在膜表面形成的吸附层对水中的溶解盐就象另一层分离阻挡层,堵塞膜面通道,导致脱盐率上升,大分子量并且带有疏水性基团的有机物常常会造成这种效应,例如微量的油滴、大分子量难降解的有机物等,会导致膜系统受到有机物污染.
三磷酸腺苷(ATP)指标法
微生物对污染物的氧化降解过程，实际上是能量代谢过程，微生物产能能力的大小直接反映其活性的高低。三磷酸腺苷(ATP)是微生物细胞中贮存能量的物质，因而可通过测定细胞中ATP的水平来反映微生物的活性程度，并作为评价微生物降解有机污染物能力的指标，如果在以某种废水(有机污染物)为基质的培养液中生长的微生物ATP的活性增加，则表明微生物能够降解该种废水(有机污染物)。
此外，微生物生理指标法还有细菌标准平板计数、DNA测定法、INT测定法、发光细菌光强测定法等。
虽然目前脱氢酶活性、ATP等测定都已有较成熟的方法，但由于这些参数的测定对仪器和药品的要求较高，操作也较复杂，因此目前微生物生理指标法主要还是用于单一有机污染物的生物可降解性和生态毒性的判定。
（例如石化废水成份复杂,水中有机物浓度较高, 且含有微量油,因此在石化废水深度处理装置中使用的纳滤膜系统中,有机物污染是一种最常见的污染类型.对纳滤膜的有机物污染一般通过进水的油和有机污染物浓度分析即可判断一般的有机污染通过定期的化学清洗即可消除.）
