企业如何进行专项审计？
答：企业在进行专项审计前，应按照《高新技术企业认定申请书》中的格式，准备好企业研究开发项目情况表、上年度高新技术产品（服务）情况表、企业年度研究开发费用结构明细表以及相关财务资料。然后选择符合条件的中介机构，对企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入进行专项审计。中介机构应客观、公正地进行审计工作，并出具相应的专项审计报告。
研究开发费用包括哪些内容？
答：研究开发费用包括：研发人员人工、研究开发直接费用、研究开发设施折旧、研究开发设计费、研究开发设备调整费、研发活动无形资产摊销、其他研究开发费用、委托外部研究开发费用支出等。企业应按照新会计准则，完善财务制度，建立研究开发费用支出辅助帐，认真对每个研究开发项目进行费用登记，并以此为基础归集企业年度研究开发费用支出情况。
什么是研究开发活动？
《高新技术企业认定管理办法》规定，研究开发活动是指企业为获得科学技术（不包括人文、社会科学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品和服务而持续进行的具有明确目标的系统活动。
按照以上定义，研究开发活动可理解为由科学研究活动与技术开发活动两大部分构成。科学研究活动是指为获得科学技术的新知识、创造性地运用科学技术新知识、探索技术的重大改进而从事的有计划的调查、分析和实验活动；技术开发活动是指为了实质性改进技术、产品和服务，将科研成果转化为质量可靠、成本可行、具有创新性的产品、材料、装置、工艺和服务的系统性活动。
研究开发活动定义中所说的创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务），是指企业在技术、产品（服务）方面的创新取得了有价值的进步，对本地区（省、自治区、直辖市或计划单列市）相关行业的技术进步具有推动作用，不包括企业从事的常规性升级或对某项科研成果直接应用等活动（如直接采用新的工艺、材料、装置、产品、服务或知识等）。
如何判断研究开发活动？
研究开发活动可采用行业标准判断、领域专家判断、目标结果判定相结合的方法进行判定。
一是行业标准判断法：若国家有关部门、全国（世界）性行业协会具备相应资质的机构提供了测定科技“新知识”、“创造性运用科学技术新知识”或“实质性改进技术、产品和服务”等技术参数（标准）,则按此参数（标准）来判断企业所进行的项目是否为研究开发活动。
二是领域专家判断法：如果企业所在行业中没有发布公认的研发活动测度标准，则通过本行业专家进行判断。判断的原则是：获得新知识、创造性运用新知识以及技术的实质改进应当是企业所在技术（行业）领域内可被同行业专家公认的、有价值的进步。
三是目标结果判定法：检查研发项目的立项、预算报告，重点了解进行研发活动的目的（创新性），研发活动是否形成项目成果或阶段性成果，如专利等知识产权或其他科技成果。
研发费加计扣除与高新企业认定的关系-
研发费用加计扣除与高新企业认定之间存在着这样的辩证关系：能加计扣除的企业不一定是高新技术企业，但高新技术企业必然有研发费加计扣除项目。
由于高新企业同时享受加计扣除的优惠，两者的归集口径容易就混淆了。高新技术企业的研发费用范围一般大于研发费加计扣除的范围。比如说折旧费，对于建筑物的折旧费不能加计扣除，而高新可以。对于经营租赁费加计扣除只允许用于研发的仪器、设备租赁费，厂房不可以加计，而高新可以。高新研发费用包括装备调试费用，田间实施费，加计扣除不包括。高新研发费用包括通讯费，加计扣除也不包括。委托研发的，高新包括委托境内外研发，而加计扣除只能是委托境内机构或个人。
其他相关费用高新规定不得超过研究开发总费用的20%，而加计扣除规定是不得超过10%。高新的研发费用口径不包括职工福利费，补充养老和补充医疗保险，而研发费用加计扣除可以。对研发人员的定义，高新研发费用只要是企业科技人员都可归集，加计扣除必须是直接从事研发活动的人员。不过，对科技人员，高新要求累计实际工作时间在183天以上，而加计扣除没有这个要求。
