PCR实验室并没有严峻的净化要求，但是爲避免各个实验区域间交叉污染的可能性，宜采用全送全排的气流组织方式。同时，要严峻控制送、排风的比例以保证各实验区的压力要求。
试剂贮存和预备区:该实验区主要中止的操作爲贮存试剂的制备、试剂的分装和混合液的设备。试剂和用于样品制造的材料应直接运送至该区，不得经过其他区域。试剂原材料必需贮存在本区内，并在本区内制备成所需的贮存试剂。 对与气流压力的控制，本区并没有严格的要求。
标本制备区:该区域主要中止的操作爲样本的保管、核酸(RNA、DNA)提取、贮存及其参与至扩增反响管和测定DNA的分解。 本区的压力梯度要求爲：相对于临近区域爲正压，以避免从临近区进入本区的气溶胶污染。另外，由于在加样操作中可以会发作气溶胶所致的污染，所以应避免在本区内不必要的走动。
扩增反响混合物配制和扩增区:该区域主要中止的操作爲DNA扩增。此外，已制备的DNA模板 (来自样本制备区)的参与和主反响混合液(来自试剂贮存和制备区)制备成反响混合液等也可在本区内中止。 本区的压力梯度要求爲：相对于临近区域爲负压，以避免气溶胶从本区漏出。爲避免气溶胶所致的污染，应尽量添加在本区内的不必要的走动。普通操作如加样等应在超净台内中止。
污染的预防与控制:PCR实验室设计的中心成果是如何避免污染。在理论义务中，有以下几种污染类型：扩增产物的污染;自然基因组DNA的污染;试剂的污染以及标本间的污染。由于一旦发作污染，实验就必需中止，直到找到污染源爲止，而且实验结果必需作废，需重新中止实验。所以发作污染后再围绕实验室来寻觅污染源不但耗时而且繁琐，浪费人力物力。因此要避免污染，首先应是预防，而不是扫除。
