什么是过滤器？用来做什么？ 在海水海水鱼缸中，我们对过滤的要求并非只是去除水中悬浮物。过滤的目的更在于要通过生化过程将有害有毒的物质转换成无害无毒的，可以经由循环系统重新回到海水鱼缸里。要达到上述目的，没有细菌的帮助是不可能实现的。这些细菌被粗略地分为两类：有氧菌和厌氧菌。前者生存需要氧气而后者则生活在无氧环境中，从硝酸盐之类的化合物中获得所需的氧。这两类菌有着完全不同的作用。有氧菌把氮氧化成亚硝酸根离子和硝酸根离子，而相反地，厌氧菌又将之还原成氮气并释放，我们称之为脱氮作用。岩礁生态中的生化过程相当复杂，并非本文主题，这里我们就不作累述。
我们所要强调的，是过滤系统与海水缸大小以及水族生物数量相配伍的重要性，而后者的重要程度更甚于前者。
活岩石（Living stones）是海水海水鱼缸中最重要的过滤介质。
海水生物概念不应该只包括鱼只和软体动物，也应包括作岩礁造景用的活岩石。在海水海水鱼缸中引入越多的活岩石，整个水族缸体系的生态运作会越稳定。从活石的表面到内部，共同构成了一个很大的分解代谢有机体，因含氧量由外至内层层递减，这样就同时为有氧菌和厌氧菌提供了生存空间。
相关结论 一个成功的海水海水鱼缸必须从一开始就保持稳定且适合其中水族生物需要的水体质量。海水鱼缸运作体系中所有多孔材料，如活岩石、贝砂、珊瑚砂及底砂，都是潜在的菌落培养处。多孔材料越多，材质的孔洞越多，所形成的活性分解区域就会越大。
那么，有哪些可用的过滤装置呢？ 1.生物过滤（BiologicalFiltration） 生物过滤属有氧过滤，氧气参与了这里发生的硝化反应。由细菌将水中废物氧化。通常无法在此分解硝酸盐，除非所用的过滤介质非常粗糙，如活石，同时要求流经的水量有限，而这并非此类过滤的目的及功能所在。
生物过滤又被分化成水下有氧过滤，因为过滤介质一直浸没水中并不与外界空气直接接触。用于淡水水族的筒式过滤器是其中最广为人知的，通常使用不同马力的马达抽水泵，内部用数层纤维材料及/或多孔材料作过滤介质。考虑到会对菌落供氧不足，因此有效性和实用性受一定限制，这种过滤器不适合海水缸使用。
另一类是底层过滤，和筒式过滤器相似，都靠抽水运作。在缸底打孔的双层底板上铺一层5-10cm厚的珊瑚砂，用强力抽水泵从砂底抽水。过程中会出现富含空气甚至臭氧的逆流作用，这额外供给的氧令过滤效果更佳。会形成相当大的菌落区，不过长期运作后将使得底砂层十分紧密并引发藻类滋生，需要彻底清洁或翻缸整理，所以这也不适用于海水缸。
