播种到出菇之前可以错略的统称为养菌阶段，该阶段最主要的任务是确保菌丝发菌发好，形成大的健壮的菌丝网络，之后进行“补料操作”——即外源营养袋的施放，供给菌丝网络储备足量的营养物质满足后期菇子生长所需。因此，养菌阶段主要工作显而易见，形成储备有足够“能量物质”的菌丝网络，如果这个菌丝网络很弱或很贫瘠，期待最终有一个高的收成是不可能的。Tao-宝-shang-铺：爱青春512
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羊肚菌的栽培是一个相当粗放的栽培技术，和传统的食用菌的不同也就是菌种播种在开放的土壤环境中，而不是灭过菌的菌包内部。这种粗放的栽培模式也使得很多的传统食用菌从业者理所当然的认为羊肚菌栽培是极其简单的事情，摩拳擦掌跃跃欲试，最后却损兵折将黯然离场。粗放的土壤环境中有大量的各种微生物和昆虫，均可能对羊肚菌的菌种或菌丝造成影响（当然，羊肚菌生长和后期的出菇是否需要土壤中的微生物辅助也未可知）
羊肚菌养菌阶段杂菌侵袭有一个很明显的特征是杂菌侵袭位置往往是裸露在地表的菌种。从目前看，主要的杂菌侵袭有两种，上面两张图片的青霉或称为绿霉，以及下图的链孢霉。
裸露的菌种被杂菌侵袭，这是因为菌种上面附带足量的营养物质如木屑、麦粒等，容易滋生杂菌；而播种操作中覆土完全没有裸露的菌种往往不容易被杂菌侵袭，这是因为羊肚菌菌丝生长力较为旺盛，能在贫瘠的土壤内长距离穿梭形成菌丝网络，而杂菌在土壤中穿梭的能力相对较弱；当然菌种带杂或菌种活力不足也是原因之一；除此之外，土壤水分偏大也是造成杂菌容易着床滋生的主要原因。
因此，要防控养菌阶段的杂菌侵袭以及应对措施需要注意以下几点：
1，补充微生物活性菌，分解土壤中的病害，补充有机微生物。益富源微生物菌剂菌菇生态宝。
2，田间土壤处理：播种之前的晒地、石灰、轮作等操作；
3，选用优质健壮无污染的菌种；
4，播种过程的覆土操作要规范，土壤湿度理想；
5，如果发生杂菌侵袭，可小心捡起，或用生石灰覆盖（连同杂菌和羊肚菌一起灭杀），或用干净的土覆盖2~3cm，注意：杂菌侵袭严重的用生石灰处理，轻度杂菌可覆土处理；
5，外源营养袋的摆放注意避开杂菌位置，外源营养袋后期感染杂菌的话，在出菇之前必须撤袋；
6，发生杂菌侵袭的田地，后期出菇过程严防高温高湿，稍不注意，这些杂菌均可能直接侵袭菇子造成更惨的损失；
7，杂菌发生严重的田地，不适合第二年再种羊肚菌。
益富源菌菇生态在种植羊肚菌的功效：
1）分解大分子营养物质分解培养料中纤维素等大分子物质成分，降解成易被吸收利用的糖、氨基酸等有机物，并优化基料的团粒结构，提高其透气性能和保水性能。
2）固定空气中的氮，增加培养料的营养供菌丝和子实体吸收利用，同时还具有解磷、解钾的作用，使无效态P、K转化成有效态。
3）富含多种食用菌需用营养元素，提前出菇分泌酶、细胞分裂素、赤霉素、硫胺素等生物活性物，补充营养，促进菌丝扭结和子实体生长发育。
4）拮抗有害微生物，抑制有害菌增殖，起到防病效果，提高培养料利用率、发菌率。
5）增产增收，改善口感，增加养分，促进菌丝生长，改善菇类口感，提前出菇，延长保鲜期。
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