菊花品种具有极大多样性，分类工作者们探讨菊花的原祖。或认为野菊是菊花的原始祖先，或认为甘菊是原祖，或认为它的原祖是小红菊，或者开出一系列的可能的原祖名单。中国科学工作者有的还进行过属间杂交实验，在探讨菊花真源方面做了一些推测性和实验性工作。无论推测和实验，都是试图把菊花的来源落实于该属的某一个或某两个种上，并且试图指出，在这些浩瀚的品种中，哪一个品种最为原始，即是说，想找出最原始的菊花品种。可以肯定，菊花的来源是多方面，是多元而不是单元起源。菊花是异花受粉植物。人们在长期的实践过程中，运用种间，甚至属间杂交的办法，来获取菊花的新性状，并通过返交、互交等有性过程来获得新性状的分离。这样如此返复的遗传重组合和性状的分离，新性状就越来越多。在这个过程中，有意识的人工杂交和随机的自然选择都可以同时出现或交替发生。但是，去劣择优的人工选择过程，却永远起着主导作用。菊花染色体极其有限。仅记录到菊花是6倍体，2n=54。菊花新品种产生的另一个可能的途径是体细胞的突变（芽变），用固定芽变的办法来获得新品种。
