利用微生物有益菌的分解能力，快速分解豆腐渣中的蛋白质、脂肪、碳水化合物等，快速释放氮、钾元素，一般发酵只需15-20天就能完全腐熟。发酵过程中会产生高温，高温能杀灭杂菌，避免豆腐渣施肥后引发病害；提前释放豆腐渣中的热量，施肥后不烧根、不烧苗，无臭味。这种方法发酵后的豆腐渣肥料是弱酸性的，特别是适合果树、蔬菜和喜欢酸性肥料的花卉如：山茶花、茶梅、杜鹃、梅花、兰花、文竹、菊花、栀子花、龟背竹、君子兰、海棠、白兰使用。
豆渣发酵堆肥的制作
以发酵1吨豆渣肥料为例
准备材料：2瓶益富源生物菌肥发酵剂，1吨豆腐渣干豆渣、湿豆渣都行
首先把2瓶生物菌肥发酵剂用清水稀释，稀释比例不固定根据豆腐渣的干湿度来调整；把稀释后的发酵液泼到豆腐渣上，一边泼一边翻拌均匀；拌好以后抓一把豆腐渣料，用力握，手指缝有水，但不滴，松手料能散开，此时水分50%，正适合发酵；然后再空气上堆起来，堆成宽约1.5—2米、高约1米，长度不限的长方形堆物较好，露天有氧发酵，顶部可盖个塑料膜，不必盖严。如果是新豆渣水分很大，发酵液就少兑点水，用喷壶喷上去，再加些干土或碎秸秆料中和水分，最后水分50%为佳。
整个发酵过程持续15-20天，夏天发酵快、冬天慢，堆沤10天后可翻堆一次，堆沤20天即能熟透。发酵成功的标志：没有臭味，堆肥表层长出白色菌丝。如果有未发酵之前很浓的腐臭味，表明堆肥制作失败。
