1、预处理：除去废水中的油脂类、固体悬浮物，为微电解处理系统提供稳运行的条件。
2、PH值调节：微电解处理废水应在弱酸性、富氧的条件下运行。但是pH 值过低的不仅造成微电解填料的消耗速度加快 ,而且要用大量的酸来调节才能实现，从而造成材料的浪费。在微电解运行的过程中，应将待处理的废水PH值用酸调节为3-4左右。对某些废水PH值的设定要依据试验结果确定。
3、曝气充氧：在铁炭微电解处理废水的过程中，通过曝气为其可提供充足的氧气，从而促进原电池效应反应的进行。另一方面，通过曝气对废水起到搅拌震荡的作用，在减弱浓差极化，加速电极反应的进行的同时，通过曝气的剪切力，使填料表面及时得到更新，提高了废水与填料的传质效率。曝气的时间、曝气量的大小可根据处理废水的水质不同确定，一般曝气曝气量为水体3-4倍适中即可。
4、微电解反应器的的反冲洗：视情况可定期对反应器中填料进行反冲洗，以提高填料的处理效果。反冲洗时首先关停上水泵、关闭进水阀门，加大进气量，强化曝气5分钟后，关闭进气阀，反应器内的水自上而下自行反冲洗填料，反冲洗水可排入调节池。反冲洗完成后，开启进水阀、废水提升水泵，即可恢复废水的处理过程。
5、废水经微电解处理后，废水中溶于水的污染物在铁碳微电解填料作用下，分子状态发生变化，从废水中析出。向废水中投加石灰乳调节PH值至8-9之间，加入适量助凝剂进行絮凝沉淀，将废水中析出的不溶物和胶体有机物沉淀去除。
