有机食品的认证程序如下申请者向认证中心（中绿华夏中心，简称COFCC）提出正式申请，填写申请表和交纳申请费。
认证中心核定费用预算并制定初步的检查计划
申请者交纳申请费等相关费用，与认证中心签订认证检查合同，填写有关情况调查表并准备相关材料。
认证中心对材料进行初审并对申请者进行综合审查。
派出经认证中心认可的检查员，依据《技术准则》，对申请者的产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评估，必要时需对土壤、产品取样检测。
编写检查报告。检查员完成检查后，编写产地、加工厂、贸易检查报告。
综合审查评估意见。认证中心根据申请者提供的调查表、相关材料和检查员的检查报告进行综合审查评估，编制颁证评估表，提出评估意见提交颁证委员会审议。
颁证委员会决议。颁证委员会对申请者的基本情况调查表、检查员的检查报告和认证中心的评估意见等材料进行全面审查，作出是否颁发有机证书的决定。
颁发证书。根据颁证委员会决议，向符合条件的申请者颁发证书。获证申请者在领取证书之前，需对检查员报告进行核实盖章，获有条件颁证申请者要按认证中心提出的意见进行改进做出书面承诺。
的使用。根据有机食品证书和《管理章程》，办理的使用手续。
