肝素的名字中有“肝”这个字。这种物质可以从动物肝脏中提取，但不仅存在于肝脏中。许多动物组织中的肥大细胞可以产生和释放这种物质，如人和动物肺、心脏、肝脏、小肠和肌肉中的肝素。然而，由于从猪小肠中提取的肝素分子非常接近人的分子结构，中国的猪产业非常发达，猪小肠的供应很宽，更保证了产品的新鲜程度，因此本发明是肝素钠提取的主要来源。
从猪小肠中提取的肝素分子结构与人肝素相似。并且具有小肠来源广、采购和提取成本低等优点，已成为肝素钠提取的主要来源。肝素与组织中的其他粘多糖结合在一起，因此肝素的制备包括两个步骤：肝素蛋白复合物的提取、分离和纯化。
肝素分子中含有硫酸根和羧基，它们是强酸性的聚阴离子，能与阳离子反应生成盐。这些阳离子包括金属阳离子：Ca2+、Na+、K+、有机碱的长链吡啶化合物，如十六烷基氯化吡啶（CPC）、埃斯库利、碱性染料天蓝A、阳离子表面活性剂（长链季铵盐），如十六烷基三甲基溴化铵、阳离子交换剂。以及带正电的蛋白质，如鱼精0。蛋白质等。
肝素结构中的N-硫酸根与抗凝作用密切相关，其抗凝活性被破坏而降低。N-硫酸基团对酸水解敏感，在碱性条件下稳定。肝素分子中游离羟基被酯化，如硫酸化、抗凝活性也降低，乙酰化不影响其抗凝活性。
