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一般聚丙烯酰胺的分子量越大，分子链则越长，其絮凝效果越好。据研究，聚丙烯酰胺絮凝剂的分子量越大，其微粒表面的吸附速度加快，降低电表面∮电位的能力。这是因为聚合物链后，增大了对微粒作用的范德华力，同时，所带极性基数目也有增多。与之相反的，分子量较小的以下），于微粒表面吸附后，因其链不太长非但不足以发生桥连作用，连亲水的或多个带相同符号电荷的极性基团朝向微粒外，使微粒间反而产生斥力而不能兼并，即分散作用。此种情况下，在一定得范围内，相对的分子质量越小分散效果则越好
聚丙烯酰胺的分子结构，其实就是大家通常所说的聚合物链弯曲性，对聚丙烯酰胺絮凝效果也有影响。不仅聚合物链的长短，链的弯曲程度也是对性能发生有影响。线型结构的聚丙烯酰胺，其絮凝效果；成环状或支链结构的效果较差。脂肪烃基长链（所谓“柔性”长链），在链上的各极性基彼此之间因氢键的作用，致使分子卷曲成团状，从而降低絮凝剂的作用。
聚丙烯酰胺的官能团，其极性、亲水性、电荷的性质，及电荷的中和能力，对胶体颗粒的吸附和反应等都不相同。含官能团多，电荷密度会过高；含官能团少，电荷密度过低，对电荷的中和作用是不利的。
