肝素钠与双嘧达莫、阿司匹林、保泰松、吲哚美辛、布洛芬、丙磺舒、奎宁、氯喹、右旋糖酐、含愈创木酚甘油醚的制剂同用，可增加出血风险。能使苯妥英钠、奎尼丁、普萘洛尔、碘塞罗宁血浓度下降。
肝素钠与下列药物有拮抗效果：抗组胺药、安泰乐、洋地黄、吩噻嗪类、维生素c。本品可明显进步血中游离甲状腺素的水平，故有致心律失常的效果。
肝素钠与糖皮质激素、利尿酸、甲灭酸同用，有致溃疡的效果。与他巴唑、丙基硫氧嘧啶同用，能加强抗凝血效果。
与大多数抗生素如氯霉素、红霉素、卡那霉素、多粘菌素B、头孢菌素混合，可发生沉积，不得配伍。与鱼精蛋白、链激酶、四环素、尿激酶同用，可发生拮抗效果。
肝素钠加用碳酸氢钠或乳酸钠等纠正酸中毒，可推进本品的抗凝效果。
