有机氮主要以蛋白质形式存在，还有尿素、胞壁酸、脂肪胺、尿酸和有机碱等含氨基和不含氨基的化合物，有些有机氮如果胶、甲壳质和季胺化合物等很难生物降解。生产或以这些有机氮为原料的工业排放的废水中会含有这些有机氮。
钢铁、炼油、化肥、无机化工、铁合金、玻璃制造、肉类加工和饲料生产等行业排放含有氨氮的工业废水，皮革、动物排泻物等新鲜废水中氨氮初始含量并不高，但由于废水中有氮的脱氨基反应在废水贮存或在排水管道中驻留一段时间后氨氮的浓度会迅速增加。
对有机氮工业废水可采用生物法处理，在微生物去除有机碳的同时，高级氧化通过生物同化及生物矿化作用将废水中的有氮转化为氨氮。氨氮废水的处理方法有汽提、空气吹脱、离子交换、活性炭吸附、生物硝化和反硝化等。
生活污水中磷的主要来源是含磷洗涤产品的使用、人类排泄物、生活垃圾，洗涤产品主要采用磷酸钠和聚合磷酸钠，洗涤剂中的磷随污水流入水体。工业废水是造成水体中磷超标的主要因素之一，具有污染物浓度高、污染物种类多、难降解、成分复杂等特点。若工业废水未经处理直接排放会对水体造成巨大冲击，对环境和居民健康造成不良影响。
磷的去除一般有利用聚磷菌的生化法(AO、A2O、氧化沟等)和化学除磷(PAC、PFS等)，而工业污水中有部分的次磷及有机磷，必须用到高级氧化预处理之后才能正常除磷。
