肝素钠禁止用于各种出血性疾病和延迟凝血、肝肾功能不全、重度高血压、脑出血、急性感染性心内膜炎（人工瓣膜心内膜炎除外）、脑外科及SPI等。大脑手术及脊柱手术后，胃肠道连续引流管，流产，活动。肺结核、剥脱性皮肤病、溃疡病和对本产品过敏，以及怀孕最后三个月的孕妇和产妇。小心使用酒精中毒，过敏体质，月经周期，有占位病变，孕妇和产妇。
如果有严重出血，可以静脉注射硫酸鱼精蛋白作为急救。注射速度小于20 mg/min或10分钟内注射50 mg（硫酸鱼精蛋白可在1 mg内中和100 u肝素钠）。但是，需要注意的是：1过量使用鱼精蛋白可以产生抗凝血作用，因为鱼精蛋白会干扰凝血酶。由于肝素的代谢，肝素注射间隔时间越长，中和肝素的鱼精蛋白用量越少。
