臭氧发生器杀灭微生物的效果，受多个因素的影响。其中臭氧浓度、温度、湿度、处理时间的变化对臭氧在洁净车间消毒时影响较大，臭氧分布方式，室内物品多少、材料，细菌各类等也是影响效果的因素。
臭氧比空气略重，因此臭氧发生器在洁净车间中一般放置于较高处，臭氧发生器产生臭氧后的下坠过程即是杀菌消毒的过程。车间内物品越多，会增加处理表面积，处理时间也越长。经实验证明，臭氧对人、动物的致病菌、病毒等均具有很强的溶菌性杀灭作用。
在常温下，臭氧的分解时间约为20分钟(20~30℃)，温度越高，分解速度越快。在室内实际操作中，应保证有半个小时持续消毒时间。空气的湿度也是影响洁净车间消毒效果的重要因素之一，相对湿度>70%，杀灭效果能很好的体现出来。这是由于相对湿度提高，可以使细胞膨胀、细胞壁变薄，使之更容易受到臭氧的渗透溶解。因此，我们在洁净车间消毒工作进行时，可以在地上洒一点水，以增强臭氧的杀菌效果。
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