食品物料的杀菌分为热力杀菌和冷菌。食品无尘无尘无菌包装的物料杀菌到目前为止主要是热力杀菌，其又分超高温杀菌和高温短时杀菌两种，物料的冷杀菌方法主要指紫外线和微波杀菌。超高温杀菌是指在温度和时间分别为135-150℃和2-8秒的条件下，对乳品或其他食品进行处理的一种工艺。由于它具有许多优点，纯净水灌装车间设计，特别是可以解决既能杀死产品中的微生物，灌装车间，又可较好的保持食品品质与营养价值这对矛盾，饮料灌装车间净化，现已广泛应用于牛乳、果汁及果汁饮料、豆乳、茶、酒、矿泉水及其 它产品的生产。
对超高温杀菌有蒸煮味的物料可采用高温短时杀菌，在温度为70-75℃和时间为15-20s的条件下进行杀菌处理，此种方法可较好保持产品的营养、风味，其典型应用是对牛乳制品的杀菌以及部份蔬菜制品杀菌。
物料的冷杀菌方法是指根据不同场合各种杀菌剂或紫外线杀菌、辐射杀菌、微波照射杀菌等以达到杀菌目的。利用微波杀菌的效果在酱油、啤酒、牛乳等方面已得到较好验证，只是用于大规模生产的部分技术难题尚未解决。
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