目前北方地区西红柿茬口安排来看，进入深冬季节，早春茬西红柿正处于生长前期，而一大茬的西红柿多数处于开花坐果期，这段时期西红柿秧苗自身抵抗力不是太强，根腐病、枯萎病、疫病、灰叶斑等发生较多。
西红柿死棵一直是非常严重的一个问题，因为一旦发生死棵，也就意味着这棵植株不会再产生效益，严重影响种植效益。
首先是枯萎病。枯萎病，又称萎蔫病，是一种土传真菌性病害，主要为害根茎部。一般开花结果期发病，初期植株中下部叶片在中午前后萎蔫下垂，早晚又恢复正常，叶色稍淡，似缺水症状，最后枯死，但叶片不脱落。有时仅在植株一侧发病，另一侧生长正常。茎基部近地面处呈水浸状，潮湿时产生粉红色霉状物，即分子孢子梗和分生孢子。横剖病茎可见维管束为褐色，用手挤压无菌液渗出。近几年在有些抗病毒大红西红柿品种上，枯萎病发生比较严重。
再一个是根腐病。常见西红柿根腐病有三种，即疫霉根腐病、腐霉根腐病、镰孢菌根腐病，均属于土传病害。这三种根腐病从症状上不容易区分，仔细观察根系发病后的表现有细微区别，主要表现为前两种根腐病主要表现在主根变褐腐烂，而镰刀菌根腐病发病后根系表皮用手很容易撸下。西红柿根腐病在苗期就会发生，但是植株上的症状表现不明显，因为此时植株所需营养较少，根系虽然已经发病，但是吸收的水分营养还能够供应植株生长。一旦进入结果期，其症状会迅速表现出来，底部叶片逐渐黄化，植株生长弱，易早衰，产量低，严重的植株直接萎蔫死亡。因此，根腐病提前预防最为重要。
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