研发费用加计扣除与高新企业认定之间存在着这样的辩证关系：能加计扣除的企业不一定是高新技术企业，但高新技术企业必然有研发费加计扣除项目。
由于高新企业同时享受加计扣除的优惠，两者的归集口径容易就混淆了。高新技术企业的研发费用范围一般大于研发费加计扣除的范围。比如说折旧费，对于建筑物的折旧费不能加计扣除，而高新可以。对于经营租赁费加计扣除只允许用于研发的仪器、设备租赁费，厂房不可以加计，而高新可以。高新研发费用包括装备调试费用，田间实施费，加计扣除不包括。高新研发费用包括通讯费，加计扣除也不包括。委托研发的，高新包括委托境内外研发，而加计扣除只能是委托境内机构或个人。其他相关费用高新规定不得超过研究开发总费用的20%，而加计扣除规定是不得超过10%。高新的研发费用口径不包括职工福利费，补充养老和补充医疗保险，而研发费用加计扣除可以。对研发人员的定义，高新研发费用只要是企业科技人员都可归集，加计扣除必须是直接从事研发活动的人员。不过，对科技人员，高新要求累计实际工作时间在183天以上，而加计扣除没有这个要求。
共有8个不同点
1.调试费与实验费:高新研发费用: 包括装备调试费用，田间实施费
研发费用加计扣除:不包括（ 常熟思睿晶华信息科技有限公司客户类型：园林绿化行业,纺织行业,电梯行业,电子行业,光电产业,信息技术产业,生物科技产业,磨具行业,机械制造业,生物医药器械行业等。除贸易、咨询、金融行业外的所有行业）
2.经营租赁费:高新研发费用: 用于研发的固定资产租赁费均可归集，例如厂房。
研发费用加计扣除:只允许用于研发的仪器、设备租赁费。
3.人员人工费用:高新研发费用:
研发人员定义：企业科技人员，要求累计实际工作时间在183天以上。不包括职工福利费、补充养老和补充医疗保险。
研发费用加计扣除:直接从事研发活动人员。职工福利费、补充养老和补充医疗在其他相关费用加计扣除（ 常熟思睿晶华信息科技有限公司客户类型：园林绿化行业,纺织行业,电梯行业,电子行业,光电产业,信息技术产业,生物科技产业,磨具行业,机械制造业,生物医药器械行业等。除贸易、咨询、金融行业外的所有行业）
4.部分研发活动:高新研发费用:
企业在商品化后为顾客提供的技术支持活动。对现存产品、服务、技术、材料或工艺流程进行的重复或简单改变。市场调查研究、效率调查或管理研究。作为工业（服务）流程环节或常规的质量控制、测试分析、维修维护。
研发费用加计扣除:不包括
5.长期待摊费用:高新研发费用:
是指研发设施的改建、改装、装修和修理过程中发生的。
研发费用加计扣除:不包括（ 常熟思睿晶华信息科技有限公司客户类型：园林绿化行业,纺织行业,电梯行业,电子行业,光电产业,信息技术产业,生物科技产业,磨具行业,机械制造业,生物医药器械行业等。除贸易、咨询、金融行业外的所有行业）
6.折旧费:高新研发费用:
用于研究开发活动的仪器、设备和在用建筑物的折旧费
研发费用加计扣除:不包括建筑物的折旧费
7:委托研发:高新研发费用:
包括委托境内外研发
研发费用加计扣除:只允许委托境内机构或个人进行研发。
8.其他相关费用
高新研发费用: 不超过研究开发总费用的20%。包括通讯费
研发费用加计扣除:不得超过可加计扣除研发费用总额的10%。不包括通讯费。。
（ 常熟思睿晶华信息科技有限公司客户类型：园林绿化行业,纺织行业,电梯行业,电子行业,光电产业,信息技术产业,生物科技产业,磨具行业,机械制造业,生物医药器械行业等。除贸易、咨询、金融行业外的所有行业）
（ 常熟思睿晶华信息科技有限公司客户类型：园林绿化行业,纺织行业,电梯行业,电子行业,光电产业,信息技术产业,生物科技产业,磨具行业,机械制造业,生物医药器械行业等。除贸易、咨询、金融行业外的所有行业）
（ 常熟思睿晶华信息科技有限公司客户类型：园林绿化行业,纺织行业,电梯行业,电子行业,光电产业,信息技术产业,生物科技产业,磨具行业,机械制造业,生物医药器械行业等。除贸易、咨询、金融行业外的所有行业）
