（一）会计科目设置
1、通常来说执行《企业会计制度》、《小企业会计准则》的单位归集在管理费用中：
借：管理费用—研发项目—研发费用
2、执行《企业会计准则》的单位通常归集在研发支出中：对于费用类支出，
借：研发支出—研发项目—研发费用；
期末转入管理费用。
3、执行《企业会计准则》的单位发生的资本性支出，借：研发支出-研发项目-资本性支出；待达到预定可使用状态时将其转入“无形资产”科目，并进行摊销。
4、对于采用ERP管理软件进行核算的单位，建议按项目建立辅助账等进行核算，辅助账的记录应与会计凭证相对应。
（二）专账核算要求
文件依据：国税发（2008）116号
第九条 企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理的计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
第十条 企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时必须按照本办法附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。
企业在一个纳税年度内进行多个研究开发活动的，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研究开发费用额
苏国税发号
1、对企业研究开发费用的发生建立明细帐，将有效凭证和明细账对应；
2、对不同的研究开发项目要设立专账进行管理，实行以项目为成本费用归集对象的会计核算；
3、对企业同时研究开发多个项目，或研究开发项目和其他项目共同使用资源的情况，有关费用要在项目间进行合理分摊。
国家税务总局公告2015年第97号
企业应按照国家财务会计制度要求，对研发支出进行会计处理。研发项目立项时应设置研发支出辅助账，由企业留存备查；年末汇总分析填报研发支出辅助账汇总表，并在报送《年度财务会计报告》的同时随附注一并报送主管税务机关。
-研发费用归集口径比较
目前研发费用归集有三个口径，一是会计核算口径，由《财政部关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》（财企号）规范；二是高新技术企业认定口径，由《科技部 财政部 国家税务总局关于修订印发〈高新技术企业认定管理工作指引〉的通知》（国科发火号）规范；三是加计扣除税收规定口径，由财税号文件和97号公告、40号公告规范。
三个研发费用归集口径相比较，存在一定差异。形成差异的主要原因如下：
一是会计口径的研发费用，其主要目的是为了准确核算研发活动支出，而企业研发活动是企业根据自身生产经营情况自行判断的，除该项活动应属于研发活动外，并无过多限制条件。
二是高新技术企业认定口径的研发费用，其主要目的是为了判断企业研发投入强度、科技实力是否达到高新技术企业标准，因此对人员费用、其他费用等方面有一定的限制。
三是研发费用加计扣除政策口径的研发费用，其主要目的是为了细化哪些研发费用可以享受加计扣除政策，引导企业加大核心研发投入，因此政策口径最小。可加计范围针对企业核心研发投入，主要包括研发直接投入和相关性较高的费用，对其他费用有一定的比例限制。应关注的是，允许扣除的研发费用范围采取的是正列举方式，即政策规定中没有列举的加计扣除项目，不可以享受加计扣除优惠。
再强调一下：
u —辅助帐目前申请高新是可以的；
u —但建议帐面分开，因为这是趋势；
u —加计扣除要求帐面分开核算，实务中，除公司使用国外如SAP、ORACAL等软件原因确实无法分开外，都要求帐面分开。
u —辅助账不是普通EXCEL表格，必须有凭证号，能追查到记帐凭证及原始凭证。
u —建议：单独装订，把记帐凭证及原始凭证复印后装在辅助帐后面；
u —同时，研发费用要分项目核算，并且研发费用在不同项目之间应该据实分配，严禁平均分配。
