辟谷通过限制进食，使粪便的生成大大减少，随着宿便的逐渐排出，体内渐渐清爽干净，人体随之也就收获了健康。另外，受到神秘的“气”的驱使，辟谷将比单纯使用泻剂达到更好的保健效果。
应该说，上述理论很好地体现了人们对疾病成因质朴的猜想，其中也不乏少数合理的演绎。例如，现代医学已经证实，饮食中若过于富含动物蛋白、缺乏蔬菜等纤维素含量高的食物，将使得肠道缺乏蠕动刺激，大便次数减少，而这很可能是结肠癌等肠道肿瘤发病的危险因素之一。不过，辟谷理论显然过分夸大了宿便的危害和粪便产毒的风险。事实上，大便的次数因人而异，很多人2～3天才有一次仍属正常。宿便也不会产生什么了不得的毒素来影响健康。相反，许多人追求“排毒”，往往过分依赖口服中药泻剂，这很可能会造成肠道功能紊乱、加重便秘以及诱发结肠黑变病等一系列问题。人体内代谢废物和毒素的排出，其实主要还是依靠肾脏和尿液来完成。辟谷期望通过清肠来去除致病因素，其初衷就打错了靶子。
通过断食来调节胃肠道功能的想法也不可靠。正常消化道的蠕动是有节律性的，受到神经和体液（主要是激素和消化液）的复杂调节。“养胃”最可靠的方法应该是规律饮食，不吃或少吃辛辣、腌制等刺激性食物，不要吃得过饱，而非单纯依靠饥饿来休息。辟谷推崇者认为断食能够治疗胃溃疡，这毫无根据。胃溃疡是在胃酸的作用下产生的。
