典型厌氧生物处理工艺的污泥负荷（F/M）为0.5-1.0kgBOD5/(KGmlvss.d)，是好氧工艺污泥负荷0.1-0.5kgBOD5/(KGmlvss.d)的两倍多。在厌氧处理系统中，由于没有氧的转移过程，MLVSS可以达到好氧工艺的5-10倍之多。厌氧生物处理有机容积负荷为5-10kgBOD5/(KGmlvss.d)，而好氧生物处理有机容积负荷只有0.5-1.0kgBOD5/(KGmlvss.d)，两者相差可达10倍之多。
与好氧生物处理相比，厌氧生物处理的有机负荷是好氧工艺的5-10倍，而合成的生物量仅为好氧工艺的5%-20%，即剩余污泥产量要少得多。好氧生物处理系统每处理1kg CODcr产生的污泥量为250-600g，而厌氧生物处理系统每处理1kgCODcr产生的污泥量只有20-180g。且浓缩性和脱水性较好，同时厌氧处理过程可以杀死污水和污泥中的一部分寄生虫卵，即剩余污泥的卫生学指标和化学指标都比好氧法稳定，因而厌氧污泥的处理和处置简单，可以减少污泥处置和处理的费用。
厌氧微生物增殖缓慢，为增加反应器内生物量所需的时间较长，因而厌氧反应器启动时间和水力停留都比好氧法长；
一般情况下出水水质不能直接打到符合排放标准的要求，需进一步处理，因此在厌氧反应器后需要串联配置好氧处理过程；
待处理污水浓度低或碳氮比较低时会形成碱度不足，需要补充和投加碱度；
污水浓度低产生的甲烷的热量不足以将水温加热到厌氧生物处理的温度时，需要用外热源加热；
厌氧处理过程中产生的以甲烷气体为主的沼气是一种易燃易爆气体，厌氧反应器内必须按防爆设计；
氯化脂肪族化合物等有毒物质对甲烷菌的毒性比好氧异养菌大，对于有毒污水性质了解不足或操作不当可能导致反应器运行条件的恶化；
对温度要求严格，污水温度低时对处理效果的影响很大，管理操作比较复杂；
无硝化作用，如果要维持较高的生物活性，要求NH4+浓度在40-70mg/L。
