、营养物质
微生物的生长繁殖也离不开营养物质。营养物质的均衡决定了微生物的生长情况。关于营养物质也就是碳，氮，磷等物质。硝化细菌是自养菌，需要无机碳源，水中自带的碳酸根及碳酸氢根以及曝气和异养菌代谢产生的CO2完全可以满足硝化细菌的需要，而有机碳源（BOD）对硝化却是一个威胁，有机碳源过多，导致异养菌争夺氧气和优势菌种的地位，所以，一般进硝化池BOD不大于80PPM，而脱氮系统不缺N源，不需要考虑，磷酸盐的话，硝化细菌在菌胶团中比例很小，而且合成慢，基本上都可以满足需要。
、进水氨氮的浓度
硝化反应是将氨态氮转化为亚硝态氮，再亚硝酸菌氧化为硝态氮。有研究表明当氨氮浓度较低时，随着浓度的增加，氨氧化速率和亚硝酸氧化速率均增加，而且亚硝酸氧化速率增长较快，当浓度增大到一定程度，反应速率均减小。
平常运营过程中，总结的经验为氨氮起始浓度（好氧池前端）市政高于 100mg/l 硝化反应，工业高于 150mg/l 将受到一定程度抑制。（高氮氮废水可以通过回流稀释等避免起始浓度的影响，比如养殖，垃圾渗滤液等）
、盐分
在生物法处理高盐含氮废水的过程中，盐分能够直接影响溶解氧浓度及氧气转移到液相的能力，引起硝化微生物新陈代谢功能、活性污泥沉降性、颗粒污泥以及生物膜结构改变，导致生物絮体或胞外聚合物解体从而影响硝化效率。
根据经验：硝化反应的氯小于2000mg/l 的情况下正常进行 ;当然如果进水比较稳定，可以驯化耐盐，耐氯，氯在5000mg/L也能正常进行。氯的影响在于波动性，如果进水波动大，硝化受的影响就大，很容易流失！
