中央空调系统中微生物无处不在，冷却水系统由于微生物的繁殖导致微生物污泥堵塞换热器管道已屡见不鲜；热媒水系统由于温度适宜，很易引起腐蚀性细菌及铁细菌的繁殖，导致管道局部腐蚀穿孔；凝结水系统由于细菌的繁殖，把灰尘等粘结成团，堵塞凝结水管的问题也经常出现；风道中霉菌等细菌的繁殖对一些电子、食品等行业的生产车间来说也是一个令人头痛的问题。
１、氯系列
氯系列杀生剂主要有氯气、次氯酸钠、漂白粉、漂粉精、二氧化氯、二氯异腈尿酸、三氯异腈尿酸。
氯系列杀生剂是一种强氧化性杀生剂，它们在水中能水解生成次氯酸，次氯酸容易通过扩散作用进入微生物的细胞内，与原生质反应，与细胞的蛋白质生成稳定的氮－氯键。同时次氯酸能氧化某些辅酶巯基上的活性部位，而这些辅酶巯基是合成微生物呼吸所必须的三磷酸腺甙的中间体。
氯气运输不便，一旦泄漏，危害巨大。但成本低。
次氯酸钠、漂白粉、漂粉精运输要方便得多，但成本稍高。
二氯异腈尿酸、三氯异腈尿酸是有机氯，释放出次氯酸较慢，因此杀菌持续时间较长，并溶解性能好、抗阳光的破坏能力强，贮存稳等优点。缺点是费用太高。
二氧化氯杀生性能好，而且还能分解菌体残骸，杀死芽孢和孢子，控制粘泥生长。更重要的是二氧化氯的适用ＰＨ范围较广（ＰＨ６－１０），其它的氯系杀菌剂则一般控制在ＰＨ 6.5-7.5 之间杀菌。
二氧化氯还不与冷却水中的氨、有机胺反应而被消耗，其它氯系杀生剂无此性能。
二氧化氯的缺点是很不稳定，运输时容易发生爆炸，只能现场制备和使用。
２、臭氧
臭氧也是一种强氧化性杀生剂，杀生机理是臭氧与微生物的蛋白质结合，破坏细胞呼吸所不可缺少的还原酶的活性。
同氯系杀生剂一样，臭氧的杀生效果与冷却水的ＰＨ、温度、有机物含量等因素有关。同大部分氯系杀生剂（二氧化氯除外）不同的是，臭氧不带电荷，因此与微生物之间无静电相斥力，较易接近微生物，杀生效率高。
臭氧除杀菌外，还有一定的缓蚀阻垢作用。其阻垢机理至今尚不清楚。
臭氧处理的费用较高，对人体有一定的不良影响，这也限制了它的推广使用。
３、溴及溴化物
溴系杀生剂主要有卤化海因、活性溴化物和氯化溴。
溴系杀生剂的杀生速度比氯快，特别是在碱性条件下，溴的杀生效果有着氯无法比拟的优越性。
溴对金属的腐蚀速度要远远低于氯，并且溴的衰减较快，对环境的影响较小。
４、氯酚类
氯酚类杀生剂主要有双氯酚、三氯酚和五氯酚。
氯酚类杀生剂的杀生作用是由于它们能吸附在细胞壁上，然后扩散到细胞结构中，在细胞质内生成一种胶态溶液，并使蛋白质沉淀。
氯酚类杀生剂很难被生物降解或光解，对环境的危害较大，因此被逐步淘汰。
５、有机锡化合物
常用的有机锡化合物是氯化三丁基锡、氢氧化三丁基锡、氧化双三丁基锡。
有机锡化合物在水中很难电离，因此它们表面不带电荷，与微生物之间不存在静电斥力，容易穿透微生物的细胞壁并侵入细胞质，与蛋白质中的氨基和羧基形成复杂的化合物，从而使蛋白质失效。
有机锡化合物在碱性条件下效果好。与季铵盐类、有机胺类杀生剂共同使用具有协同作用。
６、季铵盐
季铵盐带正电荷，能与微生物细胞壁上带负电荷的基团生成电价键。电价键在细胞壁上产生应力，导致溶菌作用和细胞的死亡。季铵盐也能使蛋白质变性而导致细胞的死亡。它们破坏细胞壁的可透性，使维持生命的养份摄入量降低。
季铵盐的缺点是泡沫较多，且在被油类等污染的水中杀生效果降低甚至失效。
７、有机胺类
某些有机胺类是一种很好的杀生剂，与其它杀生剂联合使用，有明显的协同作用。
８、有机硫化合物
有机硫化合物对真菌、粘泥形成菌，尤其是硫酸盐还原菌十分有效。
９、铜盐
铜盐对抑制藻类的生长十分有效。但铜盐对水生生物的毒性较大，且对碳钢的腐蚀性较大。
１０、异噻唑啉酮
异噻唑啉酮的杀生效率高、使用浓度低、适用ＰＨ广、穿透性强，能杀死生物膜下面的微生物，是很好的一种杀生剂。
异噻唑啉酮是通过断开细菌和藻类蛋白质的键而起杀生作用的。
