第一步准备
准备量筒和pH测试试剂，带盖可密封不透光的塑料桶（选用不透光的桶，避免发酵过程中由于光线过强发酵液出现小虫）或者发酵专用桶，一瓶超能ＥＭ菌种，４斤红糖（细菌生长繁殖需要糖分，营养丰富才能够繁殖出更多的细菌），80斤桶装纯净水或深井水。
第二步清洁
塑料桶、量筒等用具清洁：第一种方法，灭菌消毒后用清洁水冲洗后沥干；第二种方法，用清洁水洗净后在太阳下面晾晒几个小时灭菌，阴雨天时可用开水烫下再晾干。
水的消毒：有条件的可用紫光灯对水进行灭菌处理，使用处理后的自来水，或深井水，直接使用桶装纯净水，操作过程中尽量避免杂菌污染。
第三步发酵
先取水加热溶解好红糖后倒入80斤水中，等水温在35℃左右时，加入1瓶超能ＥＭ菌种，搅拌均匀后盖好盖子密封发酵。EM菌发酵过程中，前期会产生大量泡沫和气体，因产生气体塑料容器鼓起时，要及时松动盖子放气，缓慢开启，避免外溢，并立即盖紧。
第四步判断成功标准
EM菌发酵成功后菌液为类棕褐色,打开盖后能闻到酸甜香味或酸味,检测发酵液pH值为3-5,也可以用量筒取少量发酵液装入矿泉水瓶中，拧紧瓶盖后摇晃几下，就会产生大量泡沫，有条件的养殖户也可以用显微镜进行形态观察和计数。如果出现杂菌污染的情况，发酵液就会有异味。
注意事项：
１、温度会影响到细菌的生长繁殖，高温季节可放在阴凉处，气温低时需要加温，一般情况下，在水温高于28℃时，只要2-3天EM菌即可发酵成功，在温度35－37℃时发酵24小时就可以使用；如果低于28℃时，要发酵4-5天，延长发酵时间不会影响效果。
２、EM菌发酵液的保存应置于室内阴凉干燥处，密闭状态下保存，避免阳光直射。发酵液应尽快使用，如果两周内可以用完，可以直接放在发酵桶内密封好。若需使用较长时间，建议剩余的分装到红色或绿色的瓶子或其他半透明小容器密闭包装，放置在凉干燥处保存待用，一个瓶子使用一次的用量。