医用外科口罩不同于医用防护口罩对于颗粒过滤效率的高要求，因为主要是应用在门诊、手术室、实验室等特殊场合环境。在这些环境中，特别是手术室，由于使用激光刀、超声手术刀等外科工具，可能会带来大量的血液或组织碎片、有害化学成分、活性病毒、活性细胞、非活性颗粒、诱导突变的物质等溅射污染，所以过滤效率检测项目主要集中在对细菌病毒过滤效率指标的要求上。根据YY 0469-2011《医用外科口罩》中的规定，医用外科口罩医用外科的细菌过滤效率要大于等于95%，而非油性颗粒过滤效率则只要不小于30%即可。GB 则是针对非油性颗粒过滤效率规定了三个等级，分别为≥95%、≥99%、≥99.97%。
二、密合性能的区别
医用防护口罩因为可能需要长期佩戴，在密合性等方面可能要求更为严格，GB 要求口罩设计，总适合因数应不低于100.也就是需要保证每个具体的佩戴者脸型与口罩有足够的密合度，不可以存在泄漏的风险，该指标的检测具体可依据YY/T 0866-2011《医用防护口罩总泄漏率测试方法》来进行测定。而医用外科口罩因为多属于短时使用，一次性产品在密合性能上没有具体要求，但是参考GB 19803，医用外科口罩因应该具备一定防泄漏效率。
三、呼吸安全性能的区别
呼吸性能对医用口罩佩戴者的舒适性和安全性的要求，医用防护口罩主要在气流阻力、表面抗湿性、抗合成血液穿透能力等指标上进行了规定。而医用外科口罩则在压力差、抗合成血液穿透能力连个指标做了规定。至于重要的抗湿性能，也是因为外科手术大都时间较短，所以抗湿性能没有明确规定。
四、毒理学试验上的区别
医用防护口罩和医用外科口罩在毒理学试验上，都要求测试皮肤刺激性试验。医用防护口罩要求口罩材料原发性刺激指数不能超过1.而外科周则要求不超过0.4即可。此外，医用外科口罩还需要检测细胞毒性、迟发型超敏反应两项试验。
五、微生物指标的区别
大肠菌群、绿脓杆菌、黄金色葡萄球菌、溶血性链球菌这四项微生物指标，在两个标准都要求不得检出。有区别的是，在真菌菌落总数上，医用外科口罩要求不得检出，而防护口罩则要求≤100CFU/g就可以。此外在细菌菌落总数上，外科口罩要求更严苛，要求≤100CFU/g，防护口罩则≤200CFU/g即可。
当然两者也有很多相同的指标要求，比如、阻燃性能上都要求续燃时间不超过5秒，环氧乙烷残留量粗的超过10μg/g。所以我们在检测这两种产品时，一定要选好标准，有针对性的检测。
