医院污水消毒是杀灭污水中的各种致病菌。氧对几乎所有细菌繁殖体、芽饱、真菌、菌毒、原虫如绿脓杆菌、大肠杆菌、金黄色球菌、霍乱弧菌、结核杆菌和蠕虫卵都有很强的杀灭能力。 医院污水状况复杂，在消毒前须做好预处理，一般一级处理出水的臭氧投加量为 30-50mg/l ，二级出水臭氧投加量为 15-20mg/L ，要经二级处理后再用臭氧消毒。
臭氧消毒处理的优点高效性：扩散均匀，包容性好可全方位快速高效的消毒灭菌；杀菌能力强，作用快，杀菌速度比氯快 600--3000 倍，可以杀灭抗氧化性强的病毒和芽饱。臭氧的制备，仅需空气、氧气和电能，不需要任何辅助材料和添加剂，不存在原料的运输和贮存问题。
若医院有100多张床位，每天污水排放量约为 100 m3，细菌总数约为 1.5×107 个·L-1污水处理采用水解酸化 + 生物接触氧化 +O3消毒组合工艺，处理流程分为兼性段和好氧段，在兼性段前设置了格栅、调节池预处理单元，在好氧段处理之后，采用臭氧消毒处理，保证出水水质。
沉淀池出水利用水泵将生化后的水抽到消毒池，设计停留时间为30min，采用臭氧发生器现场制备臭氧，通过射流器负压吸附将臭氧混合到水中到消毒接触池达到消毒杀菌效果。消毒工艺采用先进的臭氧发生器进行消毒处理，O3对细菌及其他病毒消毒能力强，设备寿命长，安全可靠，使用效果好，综合费用低。
