以河湖生态修复总体框架为基础，河湖生态修复的主要措施包括河湖生态空间保护修复、生态水量保障、水质维护与改善、生物栖息地保护修复，以及配套开展监测与制度建设等5大领域。
1 河湖生态空间保护修复
生态空间是生态水文过程产生、维持的主要空间场所。保障正常的生态空间，是保证良性生态水文过程的关键。河湖生态空间保护修复在强化关键空间管控的基础上，通过退田还湖还湿、河湖滨岸带治理等措施，维系和改善生态空间。
（1）河湖生态空间管控。应结合所在地方的的生态空间与生态保护红线划定总体安排，结合相关文件要求，围绕河流、湖泊等水域岸线空间以及涵养水源和保持水土的陆域涉水生态空间，提出相应的空间范围，划定水生态空间及其相应的生态保护红线，开展相应的管控。
（2）退田还湖还湿。侵占河湖水域岸线空间，将导致河道水生态空间被侵占和湖泊水面持续萎缩，生态系统服务功能严重受损，影响区域防洪安全的河流、湖泊。针对围湖造田、围湖养殖、违章建筑、经济林等侵占方式，应开展退耕、退渔、退垸还湖还湿，以及因地制宜实施人口搬迁等相应措施。
（3）河湖滨岸带生态治理。围绕河湖滨岸带硬化、渠化、直化，影响水生态系统健康问题，要以恢复空间异质性为核心，开展滨河（湖）植被缓冲带建设和河湖内外生态湿地建设等，以改善河流景观格局。
2 生态水量保障
以保障生态用水需求、改善河湖水动力条件、恢复生态水文过程为目标，通过采取水源涵养与水土保持、生态补水、城乡节水等措施，实现从源头保水、过程调水到用户节水全过程的生态需水保障。
（1）水源涵养与水土保持。以江河源头区、生态脆弱区、重要水源涵养区等区域为重点，结合区域自然条件，开展以封育自然修复和人工林草建设相结合的保护措施。针对水土流失严重区，应以小流域为单元，开展林草措施、耕作措施、工程措施相结合的水土保持措施。
（2）生态补水。重点针对天然来水减少情况显著，并在实施强化节水情况下仍难以满足河湖生态环境用水需求的区域，通过实施合理的生态调度，辅以必要的水系连通工程，实施河湖生态补水。
（3）城乡节水。按照国家节水行动、乡村振兴战略等要求，从工业、农业、城镇生活等方面，开展节水行动。对于农业节水，要在保障粮食安全的前提下，因地制宜开展高效节水改造、种植结构调整、退减灌溉面积等措施。
3 生物栖息地保护修复
按照构建生态廊道、保护生物多样性保护的总体要求，围绕濒危保护鱼类的产卵场、索饵场及越冬场等生物栖息地，以及受损重要生物栖息地，结合河湖滨岸带治理，开展栖息地生态系统恢复和河床底质多样性保护修复。栖息地生态系统恢复通过配置乔、灌、草相结合的植被群落，构建宽度适宜的植被缓冲带。河床底质多样性保护修复通过保持或恢复泥质、石质和沙质等自然形态，营造有利于水生植物生长、底栖动物和鱼类的觅食与繁殖的自然环境。
4 水质改善与维护
按照实施流域环境综合治理的总体要求，通过实施饮用水水源地保护、点源面源综合治理和河湖内源综合治理等措施，加大对饮用水源地的保护，强化对受污染水体的防治，开展对陆域污染源到河道内源污染进行全过程治理。
（1）饮用水水源地保护。对于未划定保护区或已划定保护区未采取隔离防护措施的饮用水水源地，应按照饮用水水源地规范化建设要求，开展水源地保护区划定、隔离警示防护、污染源搬迁或取缔、水源涵养和修复措施等措施。
（2）点源和面源综合治理。对于水质较差的河湖，应结合各地水污染防治行动计划、生态环境保护规划等要求，开展点源、面源治理。对于富营养化问题突出，面源污染较为严重的湖泊，应结合污染物拦截净化措施，加强农村农业面源污染治理。
（3）河湖内源综合治理。针对内源污染严重的湖泊（河流），应实施湖泊（河流）生态清淤工程、湖泊生态净化、船舶污染控制等措施。针对围网养殖污染严重的湖泊，应实施围网养殖清理、生态绿色养殖等措施。
5 监测与制度建设
围绕推进生态环境监管体制建设的总体部署，以水生态可持续健康发展为目标，通过对河湖管理制度、水生态保护补偿、河湖生态监测能力等方面的建设，建立健全重点区域水生态保护和修复的长效管理体制机制。
（1）河湖管理制度建设。从落实最严格水资源管理制度、河长制湖长制、水流产权确权、水域空间用途管制、河流湖泊休养生息制度、责任考核机制等方面，制定有关河流管理制度建设措施。
（2）水流生态保护补偿机制建设。重点针对水生态空间占用补偿、饮用水水源地保护补偿、水源涵养区保护补偿等机制建设，结合流域实际情况，围绕市场化、多元化方向，重点推进流域上下游横向补偿机制建设。
（3）监控能力建设。按照构建完善水资源、水生态环境监测预警能力的要求，从完善现有用水计量、完善水文及水生态环境监测站网布局，提升监测自动化水平等方面，加强有关监控能力建设任务。
