抗生素的不当使用，首先会引发细菌耐药性，长期低剂量使用饲用抗生素，会增加细菌的耐药性，可能加速‘超级细菌’的产生。
有些抗生素会被动物吸收入体，残留在在肉蛋奶中，被人摄入，会直接损害人类健康。尽管实践表明，抗生素毒性小、在消化道内吸收差，具有较高的安全性。但是，亦有研究显示，残留在畜产品中的抗生素，经加热不能完全失去活性，且有的抗生素降解后，还会形成毒性更强的、或者未知的物质。当今，抗生素滥用所导致的细菌耐药性、耐药基因、生态环境污染，以及食品安全等问题，已经严重影响到我国畜牧行业的健康发展，人民对国产畜禽产品越来越缺乏安全感，甚至以吃到昂贵的进口畜产品为荣！这不正常。
饲料用药物以原形或排泄物的形式排放到环境中，会污染水源和土壤，培养环境耐药菌，杀死环境微生物，造成耐药，生态环境隐患较大。
