GACC海关总署输华准入和MARA农业部进口登记证区别主要是，监管部门不同，申请流程不同，申请周期不同，申请资料不同。具体详细如下：
1、GACC -General Administration of Customs of the People's Republic of China-监管部门是海关总署-即海关批准的进口饲料批准输华的国家和地区准入名单 ，简称（白名单）
法律依据：根据进出口饲料和饲料添加剂检验检疫监督管理办法
申请流程：
海关总署对允许进口饲料的国家或者地区的生产企业实施注册登记制度，进口饲料应当来自注册登记的境外生产企业。
境外生产企业应当符合输出国家或者地区法律法规和标准的相关要求，并达到与中国有关法律法规和标准的等效要求，经输出国家或者地区主管部门审查合格后向海关总署递交资料。申请材料应当包括：
（一）企业信息：企业名称、地址、生产批准编号；
（二）注册产品信息：注册产品名称、主要原料、用途等；
（三）管理部门发布的证明：证明所提交资料的企业已经主管部门批准，其产品允许在输出国家或者地区自由销售。
海关总署应当对递交材料进行审查。
审查不合格的，通知输出国家或者地区主管部门补正。
审查合格的，经与输出国家或者地区主管部门协商后，海关总署派出专家到输出国家或者地区对其饲料安全监管体系进行审查，并对申请注册登记的企业进行抽查。对抽查不符合要求的企业，不予注册登记，并将原因向输出国家或者地区主管部门通报；对抽查符合要求的及未被抽查的其他企业，予以注册登记，并在海关总署网上公布。
由于海关总署对允许输华的境外宠物饲料生产厂家实施准入登记制度。因此，在国内进口商需在产品进口前需要先了解产品是否在我国海关总署《允许进口饲料国家（地区）及产品名单》里，以及产品的生产加工企业是否被列入了《境外宠物食品注册生产加工企业名单》。查询方式-海关总署网。
2、MARA 监管部门是农业部- 进口饲料登记证，一个产品一个饲料进口登记证
法律依据：《饲料和饲料添加剂管理条例》、《进口饲料和饲料添加剂登记管理办法》、《宠物饲料管理办法》
企业进口销售宠物配合饲料和宠物添加剂预混合饲料需要向国务院农业行政主管部门申请办理进口登记证。
注：境外企业申请进口登记，应当委托中国境内代理机构办理。
申请流程：书面资料准备，书面资料递交，书面资料审核，审核通过递交样品复核检测，检测通过，农业部最终评审，发证，周期需要4个月左右
