有机肥的有机物在腐熟过程中还能产生各种酚、维生素、酶、生长素及类激素等物质，促进作物根系生长和对养分的吸收。,所有的有机肥料都有较强的阳离子代换能力，可以吸收更多的钾、铵、镁、锌等营养元素，防止淋失，提高土壤保肥能力，尤其是腐熟的有机肥保肥能力更明显。,有机肥料含有大量的有机质，是各种微生物生长繁育的地方。据黄景春研究深耕配合施用有机肥，土壤固氮菌比对照增加近一倍，纤维分解菌增加近2倍，其它微生物群落也有明显增加，所以施有机肥能大大促进新开垦土地的熟化进程。,有机肥料进人土壤后，经微生物分解，缩合成新的腐殖质，它能与土壤中的粘土及钙离子结合，形成有机无机复合体，促进土壤中水稳性团粒结构的形成，从而可以协调土壤中水、肥、气、热的矛盾。
