一）认证好处
1、软件产品登记后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策，所退税款（13%）由企业用于研究开发软件产品和扩大再生产。
2、软件企业的工资和培训费用，可按实际发生额在计算应纳税所得额时扣除。
3、2011年1月1号以后对我国境内新办软件生产企业经认定后可享受优惠照顾。
4、对经认定的软件生产企业进口所需的自用设备，以及按照合同随设备进口的技术 (含软件)及配套件、备件，不需出具确认书、不占用投资总额，除国务院国发[1997]37号文件规定的《外商投资项目不予免税的进口商品目录》和《国内投资项目不予免税的进口商品目录》所列商品外，免征关税和进口环节增值税。
5、集成电路生产企业或项目按规定的不同条件分别实行企业所得税“两免三减半”（即年至第二年免征、第三年至第五年减半征收）或“五免五减半”（即年至第五年免征、第六年至第十年减半征收）的基础上，对集成电路设计和软件企业继续实施2011年《国务院关于印发进一步鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》中明确的所得税“两免三减半”优惠政策。
（二）重大意义
软件著作权登记的益处
1.作为税收减免的重要依据
财政部、国家税务总局《关于贯彻落实〈中共中央、国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定〉有关税收问题的通知》规定：“对经过国家版权局注册登记，在销售时一并转让著作权、所有权的计算机软件征收营业税，不征收增值税。”
2．作为法律重点保护的依据
《国务院关于印发鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》第三十二条规定：“国务院著作权行政管理部门要规范和加强软件著作权登记制度，鼓励软件著作权登记，并依据国家法律对已经登记的软件予以重点保护。”比如：软件版权受到侵权时，对于软件著作权登记证书司法机关可不必经过审查，直接作为有力证据使用；此外也是国家著作权管理机关惩处侵犯软件版权行为的执法依据。
3.作为技术出资入股
《关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定》规定：“计算机软件可以作为高新技术出资入股，而且作价的比例可以突破公司法20%的限制达到35%”。甚至有的地方政府规定：“可以100%的软件技术作为出资入股”，但是都要求首先必须取得软件著作权登记。
4.作为申请科技成果的依据
科学技术部关于印发《科技成果登记办法》的通知第八条规定：“办理科技成果登记应当提交《科技成果登记表》及下列材料：（一）应用技术成果：相关的评价证明（鉴定证书或者鉴定报告、科技计划项目验收报告、行业准入证明、新产品证书等）和研制报告；或者知识产权证明（证书、植物品种权证书、软件登记证书等）和用户证明”。这里的软件登记证书指的是软件著作权的登记证书和软件产品登记证书，其他部委也有类似规定。
5.企业破产后的有形收益
在法律上著作权视为“无形资产”，企业的无形资产不随企业的破产而消失，在企业破产后，无形资产（著作权）的生命力和价值仍然存在，该无形资产（著作权）可以在转让和拍卖中获得有形资金。
