香椿芽苗菜生产周期短，管理要求仔细，基本上无病害发生，但偶尔也会出现烂种、烂芽或其它苗期病害，必须进行有针对性防治。
一、 烂种烂芽防治
预防烂种烂芽，首先必须精选种子，要求种子纯度高、发芽率高、生长得快。催芽期要控水防烂，预防高温高湿，控制温度不可过高或过低。对烂芽烂种要及时淘汰。如果是水培法生产，则应将烂芽周围的种芽也同时淘汰，以免扩大传染面。对于通风不好而造成的烂种烂芽，应及时改善通风条件。如果是普遍烂种烂芽，应立即停产，全面消毒。
二、 瘁倒病的防治
香椿芽苗幼苗期的病害，主要是瘁倒病，这是由于连阴雨天气或低温低湿的环境条件造成的。防治措施是保温采用喷淋温水，或用地热线或暖气加温，也可用小拱棚和增加覆盖加温。预防高湿则采用控水，加强通风，或适当提高生长环境的温度。在幼苗期可适当喷施0.2%磷酸二氢钾或0.1%氯化钙，以提高秧苗的抗病性。如果接近采收期出现瘁倒现象，则应提前采收。
三、 提高香椿芽苗菜的整齐度
如果发现香椿芽苗菜有明显的高度差，生长不齐，应经常倒换育苗盘的位置和方向，使秧苗接受温湿度和光照均匀。
四、 提高香椿芽苗菜的品质
影响香椿芽苗菜的品质，主要是纤维化问题。预防纤维化必须防止强光照、干旱和高温还要预防生长期过长。此外，生产香椿芽苗菜的容器，严重使用铁制品，否则水里容易析出铁锈色，使芽体或幼苗颜色变为暗绿色，不受市场欢迎。生产香椿芽苗菜的用水，也不可含铁质太多。如果香椿芽苗近根部已经纤维化，收获时只可收割其幼嫩部分。
