手术室应与手术科室相连，不宜设在首层和顶层，可与 ICU 在同一层楼，以缩短运送距离、保护患者安全。同时毗邻血库、病理科、供应室等医技科室，便于工作联系、方便快捷。按照功能和隔离要求可划分为三区多通道，三区之间有隔断门，严格区分医务人员、患者及洁、污物品通道、标识清楚。
洁净手术室在洁净区内，按照净化级别的顺序设置洁净手术间，Ⅰ、Ⅱ级洁净手术室应处于干扰最小的区域，感染手术间设在洁净区入口处，也可直接与外走道相通。手术间内墙面、地面、天花板应选用光滑、抗酸碱腐蚀、无缝隙的防火材料；墙角呈弧形，防止积灰、利于清洁。手术间门要宽大、无门槛，便于平车进出，采用感应门或电动门，以维持手术间正压；不设外窗，插座、开关、药品柜、物品柜、书写台应嵌入墙内。
