水质净化
枯草芽孢杆菌可以作为微生物调节剂，起到改善水质、抑制有害微生物的作用，能够创造优良的水生生态环境。水产养殖的水体由于长期高密度养殖动物， 有大量的饵料残余、动物残骸和粪便沉积等污染物积累，容易引起水质恶化进而危害养殖动物的健康，甚至 削减产量引起亏损，对水产养殖业的可持续发展危害巨大。而枯草芽孢杆菌可以定殖在水体中，并通过营养竞争或空间位点竞争形成优势菌群，抑制有害病原菌( 如弧菌、大肠杆菌) 等有害微生物在水体中的生长 繁殖，从而改变水体和底泥中的微生物数量和结构，有效预防水产动物因水质恶化而引起的疾病。同时，枯 草芽孢杆菌作为一种可以分泌胞外酶的菌种，其分泌的多种酶类能够有效分解水体有机物，改善水质。例 如，枯草芽孢杆菌产生的活性物质几丁质酶、蛋白酶和 脂肪酶等，可以分解水体中的有机物，降解动物饲料中的营养素，不但使动物充分吸收和利用饲料中的营养物质，而且能大大改善水质;枯草芽孢杆菌还能调节养殖水体的 pH 值。
枯草芽孢杆菌在污水处理及生物肥发酵或发酵床制作中应用也相当广泛，是一种多功能的微生物。
1． 市政和工业污水处理，工业循环水处理，腐化槽、化粪池等处理，畜牧养殖动物废料、臭味处理，粪便处理系统，垃圾、粪坑、粪池等处理；
2．畜牧、家禽、特种动物及宠物养殖；
3．可以与多种菌种混配，在农业生产中具有重要作用。
