首先，要从海关设立保税区本身性质来讲解，保税区具有境外关内功能，这是什么意思呢，“境外关内”就是说保税区是所属于中国海关管辖的境外，境外可以理解为国外，保税区等同香港
其次，货物从国内进入保税区需要报关出口，跟出口国外是一样性质，所以可以获得退税。
货物入区申报流程：
1．由保税仓库所在地口岸入境
向海关申报时，须填写“进口货物报关单”，并在报关单上加盖“保税仓库货物”同时注明“存入保税仓库”，经海关查验后始可将货物存入保税仓库。
2．由保税仓库以外的口岸入境
向海关申报时，需按海关进口货物转关运输管理规定办理转关运输手续。其具体做法由货物所有人先向保税仓库所在地主管海关提出将进口货物转运至保税仓库的申请，主管海关核实后，签发“进口货物转关运输联系单”，并注明货物转运入保税仓库。
1、保税仓储：货物在进入保税仓库环节以及存储期间，不征收进口关税,不受配额限制。
2、加工结转：来料加工、进料加工厂通过出口加工区享受退税后在境内销售或加工不再受限制。
3、转口贸易：进口货物在保税区存储可经简单加工后，即转手出口到其他目的国和地区。
4、简单加工：货物可以在保税仓库进行包装、分拣、贴唛，换唛、分拆、拼装等流通性加工。
保税区仓库主要业务如下：
一、发往国外货物因品质或包装退运，须返回工厂检测或维修的;
二、机械设备，机电产品，电子产品，大宗原材料类产品，生产企业出口需要提前办理退税手续，或购买方为国内加工型企业;
三、保税区内国际货运代理业务。在保税区可以开展国际货运代理的业务,就象在保税区外开展国际货运代理业务一样.
四、跨关区转结深加工(转厂)物流业务，保税区与保税物流区及仓库的转关业务:对于很多加工企业,因为核销的缘故,必须先出口到保税区,国内工厂再以手册及一般贸易方式报进口关.而不是直接转厂到收货厂家,因为保税的货品转厂手续麻烦.
五、国外批量进口，但生产商VMI管理的，需要分次不同时间段供货;
六、进口设备或原材料，因许可证未办理或购买客户未确认等原因需要在港口滞留;
七、加工型企业因海关要求需要完成手册核销，但料件与成品需要转结或退港的
在深圳出口加工区的仓储有几个明显的优势：
1.深圳出口加工区位于深圳市东北部，境处深圳市大工业区首期开发的西片区，围网面积3平方公里，是经2000年4月批准成立，国内开放度的经济区域之一。当内地的保税物流园区设立之后，由于保税和出口加工政策合一，这些“境内关外”的园区很快取代了香港
2.相对与福保，盐保，以及香港走一日游的形式，加工区更能体现的优势是机动灵活，福保及盐保在时效性的要求很高，要求一定要海关监管车，并且进出都有要求卸货，换车等多种规定。走香港的话就是要大量的时间成本及港车费用。但是在深圳出口加工区就没有这些规定，普通
货车可以报关，一次一日游报关时间只需要30分钟左右，当天来当天走，无需搬卸货，换车，吊柜等动作。通关极为便捷！
3.商检，对于有商检的货物，如海关编码含有B（出口通关单），在从境内区外进出出口加工区的货物，海关不验核（出境货物通关单）署加发（2010）255号文件.这样节省了工厂的人力跟物力。极为方便！
4.退税。对于进入出口加工区的货物，当天报关。为贵司大大解决了资金的压力，资金流通的顺利也为贵司更好的生产。
