小肠球虫在肠黏膜上大量生长繁殖导致肠黏膜增厚，严重脱落及出血等病变，使饲料不能完全消化吸收，同时，对水分的吸收也明显减少，尽管鸡大量饮水，也会引起脱水现象。这是引起肉鸡粪便变稀，粪中带有没消化的饲料的原因之一。小肠球虫在粘膜细胞里快速生殖引发，因球虫的大量增殖需要消耗宿主细胞的大量氧 ,导致小肠粘膜组织产生大量乳酸，使得肉鸡肠腔内PH值严重降低，由于肠道PH值的改变，有益菌减少，有害菌大量繁殖，继发感染细菌、病毒等，导致消化功能障碍，肠道微生态平衡破坏，继而引起厌氧菌感染，进一步恶化消化道内环境，引起混合感染，使病症加剧，造成大批死亡。肠道内容物PH值的下降，会使各种消化酶的消化能力下降，饲料消化不良。另外，PH值的下降，会刺激肠道黏膜，使肠的蠕动加快加强。消化液排出增多，消化时间减少，导致饲料消化不良。由于肠的蠕动加快加强，胆囊分泌的胆汁迅速从肠道排出，与没消化的饲料混合在一起，形成该病的特征性粪便——略带浅黄色的粪便。病毒因素
