非正常的发菌状态原因各异，主要包括菌种质量差、土壤质量、土壤湿度和温度这四个方面。
菌种问题
首先是菌种：菌种质量差包括菌种带杂菌、菌种老化等。
菌种带杂可以在播种前初步判断，判断的原则是眼睛看和鼻子闻，眼睛看菌种的颜色是否为正常的浅灰白色、浅棕黄色，如若有浅红色、绿色、青色、浓密洁白色，则可初步判断带有杂菌；其次用鼻子闻，闻菌种的味道，正常的羊肚菌菌丝味道清淡、清香，无刺鼻杂味，无刺鼻霉味，如有酸臭，则大多有细菌或酵母菌感染；如有霉味，则必定有大量霉菌感染；此类菌种使用后可加速杂菌在田间的扩散，无法弥补。使用了带杂菌的菌种具体表现是，受杂菌抑制，羊肚菌发菌较慢，较稀疏；且杂菌将快速占领原始菌种块位置，并向四周蔓延，这在播种过程中覆土不彻底情况下更为明显。
另一个菌种问题是菌种老化，老化的菌种具体表现是在栽培袋中长速较慢、颜色较重，为棕黄色，气生菌丝略浓密且在袋子上部有不均匀的菌丝溶解区域，溶解区域有棕黄色或褐色色素液体。该类菌种播种后萌发延迟、厢面上的菌丝非常稀疏，甚至播种后期无法形成菌霜或形成菌霜极少。
应对措施：选择优质菌种。
土壤质量
土壤质量主要是指土壤环境不适宜羊肚菌生长造成的非正常发菌状态，最明显的是土壤中杂菌过多，造成播种后杂菌蔓延。这在重茬地、瓜果地、林地较为明显，具体表现是播种后菌种快速感染，有跳虫、蛆虫爆发趋势，且在菌种覆土不彻底时尤为明显。以至于在后期摆放外袋后外袋也会大面积感染。
应对措施：优选新地，重茬地则必须做相应的处理措施（具体办法参考前面博文），容易滋生虫害的农作物废弃料如农作物秸秆、瓜果等需提前清理，并用石灰、暴晒等处理田地。
土壤湿度
土壤湿度过大和不足均影响正常的发菌，土壤湿度过大时土壤溶氧量不足，菌种萌发延迟或不萌发，造成菌丝明显稀疏。这种情况在播种后浇水、长时间淋雨、湿度大时覆地膜的田地尤为明显。应对措施：棚子避雨、加强通风、揭开地膜通风等措施，降低土壤湿度。
除土壤湿度过大外，土壤湿度不足也会造成菌丝发菌较差，和栽培种、原种、外袋制作时对水分的要求一样，羊肚菌菌丝的生长需要一定的水分，土壤湿度不够，菌丝无法在土壤内健康生长，具体表现是菌丝纤细、瘦弱，地表菌丝量较少，后期菌霜不明显。
应对措施：播种前调节好土壤湿度、或播种后24小时内补充足够水分，对于北方沙土地或保水性较差的土地，可选择覆盖地膜，进行保湿。
环境温度
温度低影响发菌状态很容易理解，具体表现是发菌延迟，但容易被忽视的是，突然的低温会造成菌丝生理状态的改变，进而引发上外袋变弱现象，2020年冬季成都平原的大量外袋感染部分原因就在于此。还需要注意的是，温度高造成厢面上的菌丝纤细、瘦弱。
温度问题的应对只能在种植方案设计、设施条件上下功夫，做到提前预防。
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