首先看企业不能通过认定的几种可能问题
1、成长性不够好的企业，且授权的知识产权少于10个；
2、研发费用日常做帐不规范，被税务抽查后提供不出有效的证明；
3、总收入中，贸易性质产品的收入占比较大；
4、专项审计时从成本中挖掘研发费；
5、网上申报时，企业提供的证明附件材料不充分。
6、企业近三年发生税务处罚、重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为。
申报前做好哪些准备
1.申报高企我们要查阅哪些政府文件
仔细研读《高新技术企业认定管理办法》《高新技术企业认定管理工作指引》是重中之重，任何脱离认定管理办法和管理工作指引的政策解读当然都是靠不住的。
2.仔细研读以上两文件后，进行企业自查
根据高新技术企业认定条件和评分标准，对照企业的知识产权、科技成果、组织管理水平、财务情况进行综合评价，并聘请财务中介机构进行研发费用规划，并针对财务情况，纳税情况进行自查，保证企业未有税务风险。
3.进行高新技术企业申报规划
（1）设立研发机构
设立研发机构是企业研发活动的起始，是财务部门归集各项研发经费的依据。企业应当根据企业实际情况及时建立企业的研发中心将企业从事研发活动且高企认定要求的相关人员纳入研发中心统一管理，研发中心由分管副总经理或者总经理直接领导。
注意：研发人员的确定要符合高企认定条件中对研发人员的属性、比例要求。贵公司在2017年开始工资表及公司组织架构里面都体现出研发部门。
（2）研究开发项目立项
研究开发项目是财务部门分配各项研发费用的依据，也是企业申请技术开发费用加计扣除的依据，高新技术企业的必备条件。企业应当将企业实际将要从事的研发活动，按照规定的标准格式（主要是研发计划书，详见附件）申请立项，经分管领导批准后从事相关研发活动。
（3）研究开发项目备案
科技备案是指企业将自已立项的科技研发项目及时报所属科技部门备案，为财务部门争取技术开发费用的加计扣除作准备。根据税务部门检查的要求，科技备案是认定研发项目的前提条件，按要求在所得税汇算清缴前提交相关材料，可享受150%的研发费用加计扣除。
注意：科技备案的研发项目的立项应当结合企业实际状况填写，当立项预算金额与企业实际发生的研发费用金额相差10%以上的，需要重新立项并说明相关原因。
