01申报领域问题
企业选择申报的技术领域与企业主营业务不对应。在选择技术领域时企业的主营业务（产品）不属于《国家重点支持的高新技术领域》。
《高新技术企业认定管理工作指引》:国家重点支持的八大高新技术领域：电子信息、生物与新医药、航空航天、新材料、高技术服务、新能源与节能、资源与环境、先进制造与自动化。
02知识产权问题
(1) 知识产权模块只有申报当年授权的二类知识产权（实用新型专利、软件著作权）或集中大批量申请知识产权会被质疑真实性，视为无效申报；
(2) 知识产权经过授权之后，缺乏研发过程，直接应用生产，技术的先进程度会被质疑。《高新技术企业认定管理工作指引》:高新技术企业认定中，对企业知识产权情况采用分类评价方式，其中：发明专利（含国防专利）、植物新品种、国家农作物品 、国家新药、国家一级中药保护品种、集成电路布图设计专有权等按Ⅰ类评价；实用新型专利、外观设计专利、软件著作权等（不含商标）按Ⅱ类别评价。
03企业人员问题
-
科技人员工作时间难确定，缴纳社保人员≤5人； 企业中有兼职和临聘科技人员，难判断人员能否符合工作183天的时间要求《高新技术企业认定管理工作指引》:科技人员是指企业科技人员是指直接从事研发和相关技术创新活动，以及专门从事上述活动的管理和提供直接技术服务的，累计实际工作时间在183天以上的人员，包括在职、兼职和临时聘用人员。企业职工总数包括企业在职、兼职和临时聘用人员。在职人员可以通过企业是否签订了劳动合同或缴纳社会保险费来鉴别；兼职、临时聘用人员全年须在企业累计工作183天以上。
04高新收入占比问题
-
有收入明显为贸易的会被剔除，剔除后导致高新收入占比不够； 有简单的加工组装产品，技术含量低，不符合重点支持领域，剔除后导致高新收入占比不够； 产品归集收入范围大，高新收入应该是发票的一部分，企业在归集后将全部金额计入，剔除后导致高新收入占比不够； 产品的证明材料不足，检测报告不能支撑产品的技术性、创新性，不能被专家认可，剔除后导致高新收入占比不够。《高新技术企业认定管理工作指引》:技术性收入包括:技术转让收入、技术服务收入、接受委托研究开发收入。企业应正确计算高新技术产品(服务)收入，由具有资质并符合本《工作指引》相关条件的中介机构进行专项审计或鉴证。（思睿晶华高企解析：高企认定费用：审计报告 由具有高企审计的审计单位出具。由前三年年度审计报告、上一年度高新技术产品销售收入专项审计报告、近三年研发费用专项审计报告组成。如果企业已有相应报告，则可省略相应费用。）
05主要产品收入占比不够
高新技术产品收入是指企业通过研发和相关技术创新活动，取得的产品收入与技术性收入的总和。在高新技术产品(服务)中，有产品没有对应的知识产权，或者对应的关联性不大，专家不认可后剔除，导致占比不满50%，不符合申报条件。《高新技术企业认定管理工作指引》:主要产品(服务)是指高新技术产品（服务） 中，拥有在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权，且收入之和在企业同时期高新技术产品(服务)收入中超过50%的产品（服务）。
06缺乏佐证企业实际情况的材料
组织管理制度没有根据企业的实际情况去制定文件，直接套模板，会被认为这部分材料不真实，从而评分偏低，大大拉低总分。未提供相关制度执行的佐证材料，比如研发人员绩效奖金发放银行流水/记账证明、科技成果转化奖励发放证明等。《高新技术企业认定管理工作指引》:
(1) 制定了企业研究开发的组织管理制度，建立了研发投入核算体系，编制了研发费用辅助账；
(2) 设立了内部科学技术研究开发机构并具备相应的科研条件，与国内外研究开发机构开展多种形式产学研合作；
(3) 建立了科技成果转化的组织实施与激励奖励制度，建立开放式的创新创业平台；
(4) 建立了科技人员的培养进修、职工技能培训、优秀人才引进，以及人才绩效评价奖励制度。
07上传的申报材料不规范
(1) 上传材料有遗漏、错乱，比如年审或者所得税纳税申报表出现错误，各个模块上传错位等；
(2) 因压缩、文件格式等因素，导致上传的材料不清晰影响专家评审。
08存在财务问题
(1) 审计报告中有保留意见；
(2) 所得税纳税申报表自行修改，有作假行为；
(3) 财务资料相关数据差异性过大，且未做解释说明。（思睿晶华高企解析：高企认定费用：科技查新报告有科技查新机构针对企业科研项目的新颖性进行检索后出具的报告，一般有效性一年。）
09科技成果与转化的产品不关联科技成果与转化的产品不贴合，或者转化的证明材料逻辑出现问题，导致专家不认可，有效转化数低于预期。
《高新技术企业认定管理工作指引》:科技成果转化形式包括：自行投资实施转化；向他人转让该技术成果；许可他人使用该科技成果；以该科技成果作为合作条件，与他人共同实施转化；以该科技成果作价投资、折算股份或者出资比例；以及其他协商确定的方式。
10无产学研合作证明产学研框架协议过于简单，或产学研没有提供具体的项目开发合同、发票、进展、成果材料。
《高新技术企业认定管理工作指引》:科技成果转化形式包括：自行投资实施转化；向他人转让该技术成果；许可他人使用该科技成果；以该科技成果作为合作条件，与他人共同实施转化；以该科技成果作价投资、折算股份或者出资比例；以及其他协商确定的方式。
（思睿晶华高企解析：高企认定费用：检测费针对高新技术产品进行技术参数检测，出具检测报告。用以产品的质量合格，性能优异。应由具有的检测机构出具。 如果企业已有相应的检测报告，则此项费用可省略）
