深圳港口有：蛇口码头、福永码头、盐田码头、赤湾码头、妈湾码头、大铲湾码头。
1、蛇口港区
蛇口客运码头，始建于1981年。2016年蛇口客运码头正式停运。结束了35年的客运服务。蛇口客运码头业务搬至蛇口邮轮中心。蛇口邮轮中心正式开门营业，市民可在此坐船前往香港、澳门和珠海。深圳市重要的水、陆客货运输枢纽和设备齐全、综合性、多功能的对外开放口岸，定位于近海枢纽港，以亚洲近洋航线为主。
2、福永港区
深圳机场码头（旧称：福永码头/深圳机场福永码头），英文名：ShenzhenAirportFerryTerminal，位于深圳宝安国际机场西南位置，距机场T3航站楼仅2公里。主要经营客运、散杂货和航空燃料等。
3、盐田港区
盐田港（YantianPort），是中国广东省深圳市港口，位于深圳市南大鹏湾北岸，西临沙头角，西北经24千米铁路达深圳市，东至惠州72千米，南为小梅沙。是一个深水无沙良港，是华南地区超大型船舶首选港。定位于国际枢纽港口，主要以欧美航线为主。
4、赤湾港区
赤湾港在深圳经济特区西部的南头半岛顶端，位于珠江口东岸，距香港在20海里。距珠海、澳门在50海里，水、陆路距广州约150公里。赤湾港区是条件优越的石油服务基地和重要的深水港。港区西半部是商业码头区，东半部为石油后勤供应基地。主要经营集装箱、散杂货、油气品等。
5、妈湾港区
深圳妈湾港区该港区内主要有海星港口发展有限、深圳乐意液体仓库仓储有限公司、深圳月亮湾油料港务有限公司、南油港口仓储发展有限公司、深圳市沪星拖轮有限公司、深圳市能源港务有限公司等，其主要经营散杂货、液体化工产品、油品和煤炭等。
6、大铲湾港区
大铲湾码头是深圳西部港区内的全新集装箱码头，是集散泛珠三角各主要生产基地货物的理想站点。
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