无菌操作区只限于细胞培养及其他无菌操作的区域，能与外界隔离，不能穿行或受其他干扰。理想的无菌操作室应划为三部分：较衣室、缓冲间、无菌操作间。较衣室供更换衣服、鞋子及穿戴帽子和口罩；缓冲间位于较衣间与操作间之间，目的是为了保证操作间的无菌环境。无菌操作间于无菌操作、细胞培养；其大小要适当，且其**部不宜过高，不**过2.5m，以保证紫外线的效果；墙壁光滑无死角以便清洁和消毒。工作台安置不应靠墙壁，台面要光滑压塑作表面，漆成白色或灰色以利于解剖组织及酚红显示pH的观察。清洁和消毒区应与其他区域分开，主要进行所有细胞培养器皿的清洗、准备、消毒及三蒸水制备等工作。储藏区：主要存放各类冰箱、干燥箱、液氮罐、无菌培养液、培养瓶等，此环境也需要清洁无尘。
本区对无菌的要求虽不比无菌区严格，但仍需清洁无尘，因此也应设置在干扰少而非来往穿行的区域。孵育可在孵箱或可控制温度的温室中进行，后者费用高，一般实验室多采用孵箱进行工作。制备区：在该区主要进行培养液及有关培养用的液体等的制备。 工作台结构为封闭式；外流式工作台：净化后的空气面向操作者流动，因而外方气流不致混入操作，工作台结构为开放式，但进行有害物质实验操作对操作者不利。**净工作台应需要定期请有关部门检查洁净度，符合要求的**净工作台其洁净度应达到100级，用尘埃粒子计数仪检测粒径≤5μm的尘埃粒子数量不应**过3.5个/L；空气流量应控制在0.75-1.0m3/s；菌落数平均<1个，根据无菌状况必要时需要置换过滤器。
