在郑州办理水利设计资质时，如果专业技术人员系统备案显示重复，可能是因为同一人员在系统中被其他单位进行了登记或备案，或者该人员的信息输入错误导致系统识别为重复。处理这种情况通常需要按照以下步骤：
1. **核实信息**：
- 首先，仔细核对输入系统的个人信息是否准确无误，包括但不限于姓名、身份证号、职称证书编号等关键信息，确保没有输入错误。
2. **查询系统**：
- 登录相关的资质管理系统，查看该人员是否已经在其他单位备案，确认是否存在信息冲突。
3. **解除关联**：
- 如果发现该人员确实已经在其他单位备案，需要与该人员本人及原备案单位沟通，看是否可以解除或更改原有备案信息，以便重新在目标单位进行备案。
4. **出具证明**：
- 如果该人员目前仅服务于贵单位，需要该人员提供离职证明、解除劳动关系声明或其他相关证明材料，以表明他在贵单位进行备案是合法有效的。
5. **申诉或联系主管部门**：
- 若存在误会或系统问题，应及时与郑州市住建局或水利局等相关主管部门联系，提交相关证明材料，请求协助解决。
6. **更新信息**：
- 根据主管部门的指导，对系统中重复的或错误的信息进行修正或删除，然后重新提交备案申请。
总之，确保所有信息的真实性和唯一性是解决这个问题的关键，同时也需遵循主管部门的指导和规定。如果需要，可以寻求专业资质代办服务机构的帮助来处理这类问题。
