一、保护法律不同
软件著作权保护是依据《著作权法》和《计算机软件保护条例》来实行的；
专利保护是依据《专利法》来实行的。
二、保护对象不同
软件专利主要保护技术方案或方法；
软著主要保护软件代码本生，包括软件程序的源代码和目标代码。
三、申请通过率不同
软件著作权实行的是登记制，只要形式审查时提交的材料完全符合要求，不违反《著作权法》的规定即可获权，登记通过率极高；
专利申请要求技术性高，并且要满足新颖性，创造性，实用性等诸多要求，申请难度较高。尤其是发明专利还需进行实质审查，总体来说通过率不是很高。
四、申请周期不同
软件著作权申请周期短，可做加急，最快能1天下证；
专利申请周期长，尤其是发明专利，往往需要1-2年才能授权下证。
五、申请和维护费用不同
软件著作权只有前期申请费用，没有后续的维护费用；
专利除了要交前期的申请费用之外，每年都需要缴纳年费，过期不缴纳即视为放弃专利权。
六、保护的期限不同
自然人的软件著作权，保护期为自然人终生及其死亡后50年，截止于自然人死亡后第50年的12月31日
软件是合作开发的，截止于最后死亡的自然人死亡后第50年的12月31日；
法人或者其他组织的软件著作权，保护期为50年，截止于软件首次发表后第50年的12月31日。
专利保护期限一般为20年。
