爱沙尼亚公司申请增值税（VAT）税号的流程如下：
一、申请条件
在爱沙尼亚注册的企业，如果年营业额（以爱沙尼亚为供应地的交易额）超过40,000欧元，包括所有应税供应以及保险、金融服务和不动产交易等免税项目，必须注册增值税
特殊情况：如果企业的所有应税供应均为免税或适用0%税率（除欧盟内部的货物供应外），则无需注册增值税
二、准备申请材料
公司注册文件：包括公司章程、营业执照等
公司法定代表人身份证明：包括身份证、护照等
公司财务报表：包括资产负债表、利润表等
公司税务登记证明：包括税务登记证、税务登记表等
其他相关材料：如公司章程修正案、股东会决议等
三、提交申请
线上提交：通过爱沙尼亚税务与海关总局（ETCB），在线填写申请表格，上传相关材料
线下提交：将申请材料邮寄或亲自前往税务机关提交
四、等待审核
税务机关收到申请材料后，将对企业进行审核审核过程可能需要一定时间，具体时间取决于税务机关的工作进度在审核期间，企业应保持与税务机关的沟通，及时了解审核进度
申请时间周期：一般需要1-2个月
